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| # | Spieler | Land | Mannschaft | Tore (11m) |
| 1. | Simon Terodde | Deutschland | VfB Stuttgart | 25 (4) |
| 2. | Martin Harnik | Österreich | Hannover 96 | 17 (3) |
| 3. | Stefan Kutschke | Deutschland | Dynamo Dresden | 16 (2) |
| 4. | Aziz Bouhaddouz | Marokko | FC St. Pauli | 15 (0) |
| 5. | Guido Burgstaller | Österreich | 1. FC Nürnberg | 14 (1) |
| 6. | Fabian Klos | Deutschland | Arminia Bielefeld | 13 (3) |
| Domi Kumbela | DR Kongo | Eintracht Braunschweig | 13 (0) | |
| 8. | Christoffer Nyman | Schweden | Eintracht Braunschweig | 11 (0) |
| Marc Schnatterer | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 11 (5) | |
| 10. | Serdar Dursun | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 10 (0) |
| Akaki Gogia | Deutschland | Dynamo Dresden | 10 (1) | |
| Pascal Köpke | Deutschland | Erzgebirge Aue | 10 (0) | |
| 13. | Rouwen Hennings | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 9 (1) |
| Damir Kreilach | Kroatien | 1. FC Union Berlin | 9 (0) | |
| Dimitrij Nazarov | Aserbaidschan | Erzgebirge Aue | 9 (7) | |
| Andrew Wooten | USA | SV Sandhausen | 9 (1) | |
| 17. | Michael Liendl | Österreich | TSV 1860 München | 8 (6) |
| Peniel Mlapa | Togo | VfL Bochum | 8 (0) | |
| Steven Skrzybski | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 8 (1) | |
| Andreas Voglsammer | Deutschland | Arminia Bielefeld | 8 (1) | |
| Johannes Wurtz | Deutschland | VfL Bochum | 8 (0) | |
| 22. | Tim Kleindienst | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 7 (0) |
| Sebastian Polter | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 7 (1) | |
| Collin Quaner | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 7 (0) | |
| Ken Reichel | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 7 (1) | |
| 26. | Christopher Buchtmann | Deutschland | FC St. Pauli | 6 (0) |
| Carlos Mané | Portugal | VfB Stuttgart | 6 (0) | |
| Christian Gentner | Deutschland | VfB Stuttgart | 6 (0) | |
| Lucas Höler | Deutschland | SV Sandhausen | 6 (0) | |
| Philipp Hosiner | Österreich | 1. FC Union Berlin | 6 (0) | |
| Kenan Karaman | Türkei | Hannover 96 | 6 (0) | |
| Felix Klaus | Deutschland | Hannover 96 | 6 (0) | |
| Osayamen Osawe | England | 1. FC Kaiserslautern | 6 (0) | |
| Jacques Zoua | Kamerun | 1. FC Kaiserslautern | 6 (0) | |
| Robert Žulj | Österreich | SpVgg Greuther Fürth | 6 (0) | |
| 36. | Levent Ayçiçek | Deutschland | TSV 1860 München | 5 (0) |
| Ihlas Bebou | Togo | Fortuna Düsseldorf | 5 (3) | |
| Rico Benatelli | Deutschland | Würzburger Kickers | 5 (0) | |
| Julian Börner | Deutschland | Arminia Bielefeld | 5 (0) | |
| Dimitrios Diamantakos | Griechenland | Karlsruher SC | 5 (2) | |
| Niclas Füllkrug | Deutschland | Hannover 96 | 5 (0) | |
| Marcel Gaus | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 5 (0) | |
| Onel Hernandez | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 5 (0) | |
| Tim Matavž | Slowenien | 1. FC Nürnberg | 5 (0) | |
| Alexandru Maxim | Rumänien | VfB Stuttgart | 5 (0) | |
| Ivica Olić | Kroatien | TSV 1860 München | 5 (1) | |
| Abdelhamid Sabiri | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 5 (0) | |
| Elia Soriano | Italien | Würzburger Kickers | 5 (1) | |
| Richard Sukuta-Pasu | Deutschland | SV Sandhausen | 5 (0) | |
| John Verhoek | Niederlande | 1. FC Heidenheim 1846 | 5 (0) | |
| 51. | Nicky Adler | Deutschland | Erzgebirge Aue | 4 (0) |
| Takuma Asano | Japan | VfB Stuttgart | 4 (0) | |
| Daniel Ginczek | Deutschland | VfB Stuttgart | 4 (0) | |
| Robert Glatzel | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 4 (0) | |
| Mario Kvesić | Bosnien-Herzegowina | Erzgebirge Aue | 4 (0) | |
| Kevin Möhwald | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 4 (0) | |
| Jannik Müller | Deutschland | Dynamo Dresden | 4 (0) | |
| Thomas Pledl | Deutschland | SV Sandhausen | 4 (0) | |
| Kenny Redondo | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 4 (0) | |
| Cenk Şahin | Türkei | FC St. Pauli | 4 (0) | |
| Tobias Schröck | Deutschland | Würzburger Kickers | 4 (0) | |
| Sebastian Schuppan | Deutschland | Arminia Bielefeld | 4 (0) | |
| Lasse Sobiech | Deutschland | FC St. Pauli | 4 (1) | |
| Moritz Stoppelkamp | Deutschland | Karlsruher SC | 4 (2) | |
| Cedric Teuchert | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 4 (0) | |
| Reinhold Yabo | Deutschland | Arminia Bielefeld | 4 (0) | |
| 67. | Stefan Aigner | Deutschland | TSV 1860 München | 3 (0) |
| Aias Aosman | Syrien | Dynamo Dresden | 3 (0) | |
| Abdoulaye Ba | Sénégal | TSV 1860 München | 3 (0) | |
| Felix Bastians | Deutschland | VfL Bochum | 3 (2) | |
| Veton Berisha | Norwegen | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Erich Berko | Deutschland | Dynamo Dresden | 3 (0) | |
| Julius Biada | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 3 (0) | |
| Mirko Boland | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 3 (0) | |
| Thomas Eisfeld | Deutschland | VfL Bochum | 3 (0) | |
| Arne Feick | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 3 (1) | |
| Sebastian Freis | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Sebastian Griesbeck | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 3 (0) | |
| Selim Gündüz | Türkei | VfL Bochum | 3 (0) | |
| Simon Hedlund | Schweden | 1. FC Union Berlin | 3 (1) | |
| Christoph Hemlein | Deutschland | Arminia Bielefeld | 3 (0) | |
| Markus Karl | Deutschland | SV Sandhausen | 3 (0) | |
| Tobias Kempe | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 3 (2) | |
| Andreas Lambertz | Deutschland | Dynamo Dresden | 3 (0) | |
| Sascha Mölders | Deutschland | TSV 1860 München | 3 (0) | |
| David Pisot | Deutschland | Würzburger Kickers | 3 (1) | |
| Nils Quaschner | Deutschland | VfL Bochum | 3 (0) | |
| Marcel Sobottka | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 3 (0) | |
| Pascal Testroet | Deutschland | Dynamo Dresden | 3 (0) | |
| Korbinian Vollmann | Deutschland | SV Sandhausen | 3 (0) | |
| Tom Weilandt | Deutschland | VfL Bochum | 3 (0) | |
| 92. | Lumor Agbenyenu | Ghana | TSV 1860 München | 2 (0) |
| Waldemar Anton | Deutschland | Hannover 96 | 2 (0) | |
| Timo Beermann | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 2 (0) | |
| Hanno Behrens | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 2 (0) | |
| Axel Bellinghausen | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 2 (0) | |
| Robin Bormuth | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 2 (0) | |
| Kai Bülow | Deutschland | TSV 1860 München | 2 (0) | |
| Nejmeddin Daghfous | Tunesien | Würzburger Kickers | 2 (0) | |
| Saulo Decarli | Schweiz | Eintracht Braunschweig | 2 (0) | |
| Marcel Franke | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 2 (0) | |
| Christian Gartner | Österreich | Fortuna Düsseldorf | 2 (0) | |
| Christian Gytkjær | Dänemark | TSV 1860 München | 2 (0) | |
| Ben Halloran | Australien | 1. FC Heidenheim 1846 | 2 (0) | |
| Marco Hartmann | Deutschland | Dynamo Dresden | 2 (0) | |
| Niklas Hauptmann | Deutschland | Dynamo Dresden | 2 (0) | |
| Philip Heise | Deutschland | Dynamo Dresden, VfB Stuttgart | 2 (0) | |
| Erwin Hoffer | Österreich | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Tim Hoogland | Deutschland | VfL Bochum | 2 (0) | |
| Jordi Figueras | Spanien | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Dennis Kempe | Deutschland | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Jerome Kiesewetter | USA | Fortuna Düsseldorf | 2 (0) | |
| Tim Knipping | Deutschland | SV Sandhausen | 2 (0) | |
| Niklas Kreuzer | Deutschland | Dynamo Dresden | 2 (0) | |
| Felix Kroos | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 2 (0) | |
| Anthony Losilla | Frankreich | VfL Bochum | 2 (0) | |
| Sebastian Maier | Deutschland | Hannover 96 | 2 (0) | |
| Mats Møller Dæhli | Norwegen | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Stefan Mugoša | Montenegro | Karlsruher SC, TSV 1860 München | 2 (0) | |
| Felix Müller | Deutschland | Würzburger Kickers | 2 (0) | |
| Khaled Narey | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 2 (0) | |
| Nik Omladič | Slowenien | Eintracht Braunschweig | 2 (0) | |
| Berkay Özcan | Türkei | VfB Stuttgart | 2 (0) | |
| Kacper Przybyłko | Polen | 1. FC Kaiserslautern | 2 (0) | |
| Valdet Rama | Albanien | Würzburger Kickers | 2 (0) | |
| Edgar Salli | Kamerun | 1. FC Nürnberg | 2 (1) | |
| Salif Sané | Sénégal | Hannover 96 | 2 (0) | |
| Tom Schütz | Deutschland | Arminia Bielefeld | 2 (0) | |
| Tim Skarke | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 2 (0) | |
| Simon Skarlatidis | Deutschland | Erzgebirge Aue | 2 (0) | |
| Artur Sobiech | Polen | Hannover 96 | 2 (0) | |
| Cebio Soukou | Benin | Erzgebirge Aue | 2 (0) | |
| Keanu Staude | Deutschland | Arminia Bielefeld | 2 (0) | |
| Toni Šunjić | Bosnien-Herzegowina | VfB Stuttgart | 2 (0) | |
| Denis Thomalla | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 2 (0) | |
| Lennart Thy | Deutschland | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Patrick Weihrauch | Deutschland | Würzburger Kickers | 2 (0) | |
| Oskar Zawada | Polen | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| 139. | Suleiman Abdullahi | Nigeria | Eintracht Braunschweig | 1 (0) |
| Daniel Adlung | Deutschland | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Kaan Ayhan | Türkei | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Florian Ballas | Deutschland | Dynamo Dresden | 1 (0) | |
| Timo Baumgartl | Deutschland | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Uffe Bech | Dänemark | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Brian Behrendt | Deutschland | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Adam Bodzek | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Mathis Bolly | Elfenbeinküste | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Steve Breitkreuz | Deutschland | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Josip Brekalo | Kroatien | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Dave Bulthuis | Niederlande | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Malcolm Cacutalua | Deutschland | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Russell Canouse | USA | VfL Bochum | 1 (0) | |
| Stefano Celozzi | Deutschland | VfL Bochum | 1 (0) | |
| Kyoung-rok Choi | Südkorea | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Dennis Daube | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Julian Derstroff | Deutschland | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Marvin Ducksch | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (1) | |
| Felipe | Brasilien | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Arianit Ferati | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Oliver Fink | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Bård Finne | Norwegen | 1. FC Heidenheim 1846 | 1 (0) | |
| Iver Fossum | Norwegen | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Lukas Fröde | Deutschland | Würzburger Kickers | 1 (0) | |
| Stephan Fürstner | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Daniel Gordon | Jamaika | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Julian Green | USA | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Kevin Großkreutz | Deutschland | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Jan Gyamerah | Deutschland | VfL Bochum | 1 (0) | |
| Daniel Halfar | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| André Hoffmann | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Even Hovland | Norwegen | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Florian Hübner | Deutschland | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Emiliano Insúa | Argentinien | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Fabian Kalig | Deutschland | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Florian Kamberi | Albanien | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Marcin Kamiński | Polen | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Patrick Kammerbauer | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Fabio Kaufmann | Deutschland | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Sebastian Kerk | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Salim Khelifi | Schweiz | Eintracht Braunschweig | 1 (0) | |
| David Kinsombi | Deutschland | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Tim Kister | Deutschland | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Florian Klein | Österreich | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Philipp Klingmann | Deutschland | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Manuel Konrad | Deutschland | Dynamo Dresden | 1 (0) | |
| Jakub Kosecki | Polen | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Gaëtan Krebs | Frankreich | Karlsruher SC | 1 (1) | |
| Moritz Kuhn | Deutschland | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Peter Kurzweg | Deutschland | Würzburger Kickers | 1 (0) | |
| Romuald Lacazette | Frankreich | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Toni Leistner | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Denis Linsmayer | Deutschland | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Daniel Łukasik | Polen | SV Sandhausen | 1 (0) | |
| Jonas Meffert | Deutschland | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Christoph Moritz | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Lukas Mühl | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Bernd Nehrig | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Christopher Nöthe | Deutschland | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Phil Ofosu-Ayeh | Ghana | Eintracht Braunschweig | 1 (0) | |
| Shawn Parker | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Benjamin Pavard | Frankreich | VfB Stuttgart | 1 (0) | |
| Ondřej Petrák | Tschechien | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Edgar Prib | Deutschland | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Manuel Prietl | Österreich | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Nicolai Rapp | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Calogero Rizzuto | Deutschland | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Görkem Sağlam | Deutschland | VfL Bochum | 1 (0) | |
| Ylli Sallahi | Österreich | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Sercan Sararer | Türkei | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Noah Sarenren Bazee | Nigeria | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Julian Schauerte | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Clemens Schoppenhauer | Deutschland | Würzburger Kickers | 1 (0) | |
| Waldemar Sobota | Polen | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Marvin Stefaniak | Deutschland | Dynamo Dresden | 1 (0) | |
| Daniel Steininger | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Zoltán Stieber | Ungarn | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Marco Stiepermann | Deutschland | VfL Bochum | 1 (0) | |
| Kevin Stöger | Österreich | VfL Bochum | 1 (0) | |
| Robert Strauß | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 1 (0) | |
| Jakub Sylvestr | Slowakei | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Maxi Thiel | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Bjarne Thoelke | Deutschland | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Zlatko Tripić | Norwegen | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Felix Uduokhai | Deutschland | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| David Ulm | Frankreich | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Victor Andrade | Brasilien | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Richard Weil | Deutschland | Würzburger Kickers | 1 (1) | |
| Mathias Wittek | Deutschland | 1. FC Heidenheim 1846 | 1 (0) | |
| Dominik Wydra | Österreich | VfL Bochum | 1 (0) | |
| Hiroki Yamada | Japan | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Yann Rolim | Brasilien | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Özkan Yildirim | Deutschland | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Philipp Ziereis | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Matthias Zimmermann | Deutschland | VfB Stuttgart | 1 (0) |
| Aufstieg zur Bundesliga 2017/18 |
| Der Meister und der Vizemeister stiegen direkt auf. Der Drittplatzierte spielte in der Relegation gegen den 16. der Bundesliga. |
| Direkte Aufsteiger |
| Mannschaften | Ligen |
| VfB Stuttgart | Meister 2. Bundesliga 2016/17 |
| Hannover 96 | Zweiter 2. Bundesliga 2016/17 |
| Relegation Bundesliga – 2. Bundesliga |
| 16. der Bundesliga | Gesamt | Dritter der 2. Bundesliga | Hinspiel | Rückspiel |
| VfL Wolfsburg | 2:0 | Eintracht Braunschweig | 1:0 | 1:0 |
| Aufstieg zur 2. Bundesliga 2017/18 |
| Direkte Aufsteiger |
| Mannschaften | Ligen |
| MSV Duisburg | Meister 3. Liga 2016/17 |
| Holstein Kiel | Vizemeister 3. Liga 2016/17 |
| Relegation |
| Die beiden Relegationsspiele zwischen dem Sechzehnten der 2. Bundesliga 2016/17 (TSV 1860 München) und dem Dritten der 3. Liga (Jahn Regensburg). |
| Datum | Ergebnis | Tore | ||
|---|---|---|---|---|
| 26. Mai 2017 | Jahn Regensburg | 1:1 (1:0) | TSV 1860 München | 1:0 Lais (2.), 1:1 Neuhaus (78.) |
| 30. Mai 2017 | TSV 1860 München | 0:2 (0:2) | Jahn Regensburg | 0:1 Pusch (30.), 0:2 Lais (41.) |
| Gesamt: | Jahn Regensburg | 3:1 | TSV 1860 München |