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| # | Spieler | Mannschaft | Tore (11m) |
| 1. | Bruno Labbadia | Arminia Bielefeld | 28 (5) |
| 2. | Rainer Krieg | Karlsruher SC | 19 (4) |
| 3. | Arie van Lent | SpVgg Greuther Fürth | 16 (3) |
| 4. | Dragan Trkulja | SSV Ulm 1846 | 14 (3) |
| Achim Weber | Rot-Weiß Oberhausen | 14 (0) | |
| 6. | Thomas Brdaric | Fortuna Köln | 13 (0) |
| 7. | David Zdrilić | SSV Ulm 1846 | 12 (0) |
| 8. | Gustav Policella | 1. FSV Mainz 05 | 11 (0) |
| Igli Tare | Fortuna Düsseldorf | 11 (3) | |
| 10. | Janusz Góra | SSV Ulm 1846 | 10 (1) |
| Steffen Heidrich | Energie Cottbus | 10 (3) | |
| Marcus Marin | FC St. Pauli | 10 (0) | |
| 13. | Giuseppe Reina | Arminia Bielefeld | 9 (0) |
| Altin Rraklli | SpVgg Unterhaching | 9 (2) | |
| Mac Younga-Mouhani | Fortuna Köln | 9 (0) | |
| 16. | Ilija Aračić | TeBe Berlin | 8 (0) |
| Sven Demandt | 1. FSV Mainz 05 | 8 (2) | |
| Ivan Klasnić | FC St. Pauli | 8 (0) | |
| Carsten Klee | SpVgg Greuther Fürth | 8 (0) | |
| Markus Kreuz | Hannover 96 | 8 (4) | |
| Tomislav Marić | Stuttgarter Kickers | 8 (0) | |
| 22. | Otto Addo | Hannover 96 | 7 (0) |
| Marcus Feinbier | SG Wattenscheid 09 | 7 (1) | |
| Franklin Bittencourt | Energie Cottbus | 7 (0) | |
| Holger Gaißmayer | 1. FC Köln, Rot-Weiß Oberhausen | 7 (0) | |
| Kreso Kovacec | TeBe Berlin | 7 (0) | |
| Marek Leśniak | Fortuna Düsseldorf | 7 (0) | |
| Igoris Morinas | Hannover 96 | 7 (0) | |
| Dorinel Munteanu | 1. FC Köln | 7 (3) | |
| Carsten Pröpper | Rot-Weiß Oberhausen | 7 (0) | |
| 31. | Igor Dobrovolskiy | Fortuna Düsseldorf | 6 (0) |
| Horst Elberfeld | FC Gütersloh | 6 (0) | |
| Rolf-Christel Guié-Mien | Karlsruher SC | 6 (0) | |
| Adnan Kevric | Stuttgarter Kickers | 6 (2) | |
| Jürgen Kramny | 1. FSV Mainz 05 | 6 (0) | |
| Stefan Meißner | Karlsruher SC | 6 (0) | |
| 37. | Abdelaziz Ahanfouf | SpVgg Unterhaching | 5 (0) |
| Risto Bozinov | FC Gütersloh | 5 (0) | |
| Sergej Dikhtiar | SG Wattenscheid 09 | 5 (1) | |
| Geir Frigård | TeBe Berlin | 5 (0) | |
| Dieter Hecking | Hannover 96 | 5 (1) | |
| Detlef Irrgang | Energie Cottbus | 5 (0) | |
| Marcel Rath | Energie Cottbus | 5 (0) | |
| Markus Sailer | Stuttgarter Kickers | 5 (0) | |
| Jörg Scherbe | KFC Uerdingen 05 | 5 (3) | |
| Matthias Scherz | FC St. Pauli | 5 (0) | |
| Rainer Schütterle | Fortuna Köln | 5 (1) | |
| Jan Seifert | SpVgg Unterhaching | 5 (0) | |
| Jochen Seitz | SpVgg Unterhaching | 5 (0) | |
| Daniel Stendel | FC Gütersloh | 5 (0) | |
| Frank Türr | SpVgg Greuther Fürth | 5 (0) | |
| Hans van de Haar | KFC Uerdingen 05 | 5 (0) | |
| Dirk van der Ven | KFC Uerdingen 05 | 5 (0) | |
| Matthias Zimmermann | SpVgg Unterhaching | 5 (0) | |
| 55. | Gerald Asamoah | Hannover 96 | 4 (0) |
| Khodadad Azizi | 1. FC Köln | 4 (0) | |
| Francisco Copado | TeBe Berlin | 4 (0) | |
| Steffen Herzberger | 1. FSV Mainz 05 | 4 (0) | |
| Christian Hock | 1. FSV Mainz 05 | 4 (0) | |
| Jürgen Klopp | 1. FSV Mainz 05 | 4 (0) | |
| Antun Labak | Energie Cottbus | 4 (0) | |
| Jörg Lipinski | Rot-Weiß Oberhausen | 4 (2) | |
| Matthias Lust | SpVgg Unterhaching | 4 (0) | |
| Christian Meyer | FC Gütersloh | 4 (4) | |
| Toni Mičevski | TeBe Berlin | 4 (0) | |
| Olaf Renn | Fortuna Köln | 4 (0) | |
| Michael Rösele | 1. FC Köln | 4 (0) | |
| René Rydlewicz | Arminia Bielefeld | 4 (0) | |
| Danny Schwarz | Karlsruher SC | 4 (1) | |
| Mirosław Spizak | KFC Uerdingen 05 | 4 (0) | |
| Mirko Stark | SG Wattenscheid 09 | 4 (2) | |
| André Trulsen | FC St. Pauli | 4 (2) | |
| Oliver Unsöld | SSV Ulm 1846 | 4 (0) | |
| Witold Wawrzyczek | Energie Cottbus | 4 (0) | |
| Uwe Weidemann | FC Gütersloh | 4 (0) | |
| Claus-Dieter Wollitz | 1. FC Köln | 4 (0) | |
| 77. | Jens Bäumer | Karlsruher SC | 3 (0) |
| Stefan Blank | Hannover 96 | 3 (0) | |
| Jörg Bode | Arminia Bielefeld | 3 (0) | |
| Tamás Bódog | SSV Ulm 1846 | 3 (0) | |
| Guido Buchwald | Karlsruher SC | 3 (0) | |
| Spasoje Bulajič | 1. FC Köln | 3 (0) | |
| Eberhard Carl | Stuttgarter Kickers | 3 (0) | |
| Daniel Cartus | Fortuna Düsseldorf | 3 (0) | |
| Miguel Coulibaly | SSV Ulm 1846 | 3 (0) | |
| Fahed Dermech | TeBe Berlin | 3 (0) | |
| Georgi Donkov | 1. FC Köln | 3 (0) | |
| Marco Grevelhörster | 1. FSV Mainz 05 | 3 (0) | |
| Andrzej Kobylański | Hannover 96 | 3 (0) | |
| Toralf Konetzke | Fortuna Köln | 3 (0) | |
| Altin Lala | Hannover 96 | 3 (0) | |
| Dirk Lottner | 1. FC Köln | 3 (0) | |
| Mike Lünsmann | TeBe Berlin | 3 (0) | |
| Michael Mason | FC St. Pauli | 3 (0) | |
| Silvio Meißner | Arminia Bielefeld | 3 (0) | |
| Markus Oberleitner | SpVgg Unterhaching | 3 (1) | |
| Mirko Reichel | SpVgg Greuther Fürth | 3 (1) | |
| Sascha Rösler | SSV Ulm 1846 | 3 (0) | |
| Souleyman Sané | SG Wattenscheid 09 | 3 (0) | |
| Ilian Simeonov | SG Wattenscheid 09 | 3 (0) | |
| Petr Škarabela | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Lars Toborg | Rot-Weiß Oberhausen | 3 (0) | |
| Heinz Vossen | KFC Uerdingen 05 | 3 (0) | |
| David Wagner | FC Gütersloh | 3 (0) | |
| Thijs Waterink | FC Gütersloh | 3 (0) | |
| Oliver Westerbeek | Fortuna Köln | 3 (0) | |
| Danny Winkler | Stuttgarter Kickers | 3 (0) | |
| 108. | Daniel Addo | Fortuna Düsseldorf | 2 (0) |
| Adriano | Rot-Weiß Oberhausen | 2 (0) | |
| Alfonso García | SpVgg Unterhaching | 2 (0) | |
| Sergio Allievi | SG Wattenscheid 09 | 2 (0) | |
| Joseph Aziz | Stuttgarter Kickers | 2 (0) | |
| Karim Bagheri | Arminia Bielefeld | 2 (0) | |
| Henryk Bałuszyński | Arminia Bielefeld | 2 (0) | |
| Jörg Böhme | Arminia Bielefeld | 2 (0) | |
| Wojciech Choroba | FC Gütersloh | 2 (0) | |
| Carsten Cullmann | 1. FC Köln | 2 (0) | |
| Christian Fährmann | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Daniel Felgenhauer | SpVgg Greuther Fürth | 2 (0) | |
| Ivica Grlić | Fortuna Köln | 2 (0) | |
| Stephan Hanke | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Sebastian Helbig | Energie Cottbus | 2 (0) | |
| Thomas Hoßmang | Energie Cottbus | 2 (0) | |
| Thorsten Judt | Rot-Weiß Oberhausen | 2 (0) | |
| Cem Karaca | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Marc Kienle | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Jovan Kirovski | Fortuna Köln | 2 (1) | |
| Sergej Korobka | SG Wattenscheid 09 | 2 (0) | |
| Peter Kushev | KFC Uerdingen 05 | 2 (0) | |
| Markus Lotter | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Machado | 1. FSV Mainz 05 | 2 (0) | |
| Ronald Maul | Arminia Bielefeld | 2 (0) | |
| Thomas Meggle | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Jens Melzig | TeBe Berlin | 2 (0) | |
| Vasile Miriuţă | Energie Cottbus | 2 (0) | |
| Christian Möckel | SpVgg Greuther Fürth | 2 (0) | |
| Michael Molata | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Babacar N'Diaye | Hannover 96 | 2 (0) | |
| Peter Neustädter | 1. FSV Mainz 05 | 2 (0) | |
| Darlington Omodiagbe | FC Gütersloh | 2 (0) | |
| Oliver Otto | SSV Ulm 1846 | 2 (0) | |
| Jacky Peeters | Arminia Bielefeld | 2 (0) | |
| Markus Pleuler | SSV Ulm 1846 | 2 (0) | |
| Thomas Puschmann | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Bastian Reinhardt | Hannover 96 | 2 (0) | |
| Neno Rogosic | SSV Ulm 1846 | 2 (0) | |
| Fuad Šašivarević | KFC Uerdingen 05 | 2 (0) | |
| Yuriy Savichev | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Frank Scharpenberg | FC Gütersloh | 2 (0) | |
| Dirk Schuster | 1. FC Köln | 2 (0) | |
| Zoltán Sebescen | Stuttgarter Kickers | 2 (0) | |
| Sören Seidel | Hannover 96 | 2 (0) | |
| Dragan Stevanović | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Alexander Strehmel | SpVgg Unterhaching | 2 (0) | |
| Alexander Voigt | 1. FC Köln | 2 (0) | |
| Marco Walker | TeBe Berlin | 2 (0) | |
| Peter Zeiler | SpVgg Unterhaching | 2 (0) | |
| Mark Zimmermann | SpVgg Unterhaching | 2 (0) | |
| 159. | Christian Alder | Arminia Bielefeld | 1 (0) |
| Moudachirou Amadou | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Markus Bähr | 1. FC Köln | 1 (0) | |
| Christian Beeck | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Siegmar Bieber | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Mourad Bounoua | Stuttgarter Kickers | 1 (0) | |
| Sven Boy | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Dragan Buterin | SSV Ulm 1846 | 1 (0) | |
| Müslim Can | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Torsten Chmielewski | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Thomas Cichon | 1. FC Köln | 1 (0) | |
| Daniel Ciucă | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Jürgen Degen | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Attila Dragóner | Fortuna Köln | 1 (0) | |
| Giancarlo Fiore | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Fabian Gerber | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Radosław Gilewicz | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Matthias Hamann | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Ralph Hasenhüttl | 1. FC Köln | 1 (0) | |
| Ralf Hauptmann | 1. FC Köln | 1 (0) | |
| Fabrizio Hayer | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Björn Hertl | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| Joachim Hopp | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Karsten Hutwelker | 1. FC Köln | 1 (0) | |
| Harun Isa | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Rudi Istenič | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Miroslav Jović | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Harald Katemann | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Markus Katriniok | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Sebastian Kaul | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Sebastian Kehl | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Frank Kinkel | SSV Ulm 1846 | 1 (0) | |
| Celaleddin Kocak | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Ivan Konjevic | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Tomasz Kos | FC Gütersloh | 1 (0) | |
| Markus Kranz | Fortuna Köln | 1 (0) | |
| Willi Landgraf | FC Gütersloh | 1 (0) | |
| Moussa Latoundji | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Carsten Linke | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Bernd Maier | SSV Ulm 1846 | 1 (0) | |
| Alexander Malchow | Stuttgarter Kickers | 1 (0) | |
| Carsten Marell | Stuttgarter Kickers | 1 (0) | |
| Artur Maxhuni | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Gabriel Melkam | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Stefan Minkwitz | Stuttgarter Kickers | 1 (0) | |
| Srdjan Mladinić | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Faruk Namdar | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Thorsten Nehrbauer | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Robert Niestroj | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Achim Pfuderer | Stuttgarter Kickers | 1 (0) | |
| Jürgen Radschuweit | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Jens Rasiejewski | Hannover 96 | 1 (0) | |
| Torsten Raspe | Stuttgarter Kickers | 1 (1) | |
| Burkhard Reich | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Hilko Ristau | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Teo Rus | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Mahir Sahin | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Rayk Schröder | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Sven Schuchardt | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Thomas Seeliger | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Simon Sešlar | SSV Ulm 1846 | 1 (0) | |
| Olaf Skok | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Daniel Šmejkal | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Marc Spanier | Fortuna Köln | 1 (0) | |
| Christian Springer | 1. FC Köln | 1 (0) | |
| Adrian Spyrka | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Holger Stanislawski | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Michael Sternkopf | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Thomas Stratos | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Ralf Strogies | Stuttgarter Kickers | 1 (0) | |
| Christian Stumpf | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Zbigniew Szewczyk | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Miroslav Tanjga | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Zoran Tomčić | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Marko Tredup | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Jens Tschiedel | FC Gütersloh | 1 (0) | |
| Harutyun Vardanyan | Fortuna Köln | 1 (0) | |
| Markus von Ahlen | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Goran Vučević | 1. FC Köln | 1 (0) | |
| Dirk Wolf | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Dietmar Wuttke | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Rudolf Zedi | Fortuna Düsseldorf | 1 (0) | |
| Marco Zernicke | Fortuna Köln | 1 (0) |
Aufstieg zur Bundesliga 1999/2000Arminia Bielefeld schaffte den direkten Wiederaufstieg in die Bundesliga. Mit Unterhaching und Ulm kamen zwei weitere Aufsteiger hinzu, die zum ersten Mal den Sprung in die Bundesliga schafften. Ulm gelang dabei das Kunststück, direkt von der Regionalliga in die Bundesliga durchzumarschieren. Auch Hannover 96 war als Aufsteiger gut platziert und hätte am letzten Spieltag um ein Haar anstelle von Ulm den Durchmarsch geschafft. 3 direkte Aufsteiger in die Bundesliga. Direkte Aufsteiger |
| Mannschaften | Ligen |
| Arminia Bielefeld | Meister 2. Bundesliga 1998/99 |
| SpVgg Unterhaching | Zweiter 2. Bundesliga 1998/99 |
| SSV Ulm 1846 | Dritter 2. Bundesliga 1998/99 |
Aufstieg zur 2. Bundesliga 1990/91Mit Uerdingen, Wattenscheid und Düsseldorf mussten gleich drei ehemalige Bundesligisten den Weg in die Drittklassigkeit antreten. Vierter Absteiger war Gütersloh, sodass erstmals alle Absteiger aus einem einzigen Bundesland kamen. Gruppe Nord |
| Pl. | Verein | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Punkte |
| 1. | VfB Oldenburg | 8 | 5 | 2 | 1 | 19:8 | +11 | 12:4 |
| 2. | TSV Havelse | 8 | 5 | 2 | 1 | 19:15 | +4 | 12:4 |
| 3. | Arminia Bielefeld | 8 | 3 | 3 | 2 | 16:11 | +5 | 9:7 |
| 4. | Wuppertaler SV | 8 | 2 | 0 | 6 | 11:21 | −10 | 4:12 |
| 5. | Reinickendorfer Füchse | 8 | 1 | 1 | 6 | 8:18 | −10 | 3:13 |
| Hinspiel | Rückspiel | |||
| VfB Oldenburg | – | TSV Havelse | 5:1 | 0:0 |
| Reinickendorfer Füchse | – | Arminia Bielefeld | 1:2 | 0:0 |
| Wuppertaler SV | – | Reinickendorfer Füchse | 4:1 | 1:0 |
| Arminia Bielefeld | – | VfB Oldenburg | 2:2 | 0:2 |
| VfB Oldenburg | – | Wuppertaler SV | 3:0 | 2:1 |
| TSV Havelse | – | Arminia Bielefeld | 3:2 | 2:2 |
| Reinickendorfer Füchse | – | VfB Oldenburg | 2:1 | 2:4 |
| Wuppertaler SV | – | TSV Havelse | 2:4 | 2:3 |
| TSV Havelse | – | Reinickendorfer Füchse | 3:0 | 3:2 |
| Arminia Bielefeld | – | Wuppertaler SV | 3:0 | 5:1 |
| Gruppe Süd |
| Pl. | Verein | Sp. | S | U | N | Tore | Diff. | Punkte |
| 1. | 1. FSV Mainz 05 | 6 | 4 | 0 | 2 | 10:6 | +4 | 8:4 |
| 2. | 1. FC Schweinfurt 05 | 6 | 3 | 2 | 1 | 7:4 | +3 | 8:4 |
| 3. | SSV Reutlingen 05 | 6 | 3 | 1 | 2 | 11:8 | +3 | 7:5 |
| 4. | Rot-Weiss Frankfurt | 6 | 0 | 1 | 5 | 3:13 | −10 | 1:11 |
| Hinspiel | Rückspiel | |||
| SSV Reutlingen 05 | – | 1. FSV Mainz 05 | 0:1 | 3:2 |
| 1. FC Schweinfurt 05 | – | Rot-Weiss Frankfurt | 0:0 | 2:0 |
| 1. FSV Mainz 05 | – | 1. FC Schweinfurt 05 | 2:0 | 0:1 |
| Rot-Weiss Frankfurt | – | SSV Reutlingen 05 | 1:3 | 0:3 |
| Rot-Weiss Frankfurt | – | 1. FSV Mainz 05 | 1:2 | 1:3 |
| 1. FC Schweinfurt 05 | – | SSV Reutlingen 05 | 3:1 | 1:1 |