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| # | Spieler | Mannschaft | Tore (11m) |
| 1. | Francisco Copado | SpVgg Unterhaching | 18 (3) |
| Marek Mintál | 1. FC Nürnberg | 18 (0) | |
| 3. | Petr Ruman | SpVgg Greuther Fürth | 16 (0) |
| 4. | Abdelaziz Ahanfouf | MSV Duisburg | 14 (1) |
| Isaac Boakye | Arminia Bielefeld | 14 (1) | |
| Conor Casey | Karlsruher SC | 14 (0) | |
| Ferydoon Zandi | VfB Lübeck | 14 (2) | |
| 8. | Steffen Baumgart | 1. FC Union Berlin | 13 (2) |
| Marcus Feinbier | SpVgg Greuther Fürth | 13 (0) | |
| Michael Thurk | 1. FSV Mainz 05 | 13 (1) | |
| 11. | Jacek Krzynówek | 1. FC Nürnberg | 12 (2) |
| Marcel von Walsleben-Schied | VfL Osnabrück | 12 (0) | |
| 13. | Markus Kurth | MSV Duisburg | 11 (0) |
| Catalin Racanel | Eintracht Trier | 11 (0) | |
| 15. | Nico Patschinski | Eintracht Trier | 10 (2) |
| Ivan Saenko | Karlsruher SC | 10 (0) | |
| Róbert Vittek | 1. FC Nürnberg | 10 (0) | |
| 18. | Alexander Bugera | MSV Duisburg | 9 (4) |
| Saša Ćirić | 1. FC Nürnberg | 9 (0) | |
| Laurentiu Reghecampf | Energie Cottbus | 9 (1) | |
| Stefan Reisinger | Wacker Burghausen | 9 (0) | |
| Santiago Silva | Energie Cottbus | 9 (0) | |
| 23. | Stefan Blank | Alemannia Aachen | 8 (2) |
| Andrzej Juskowiak | Erzgebirge Aue | 8 (0) | |
| Salif Keïta | 1. FC Union Berlin | 8 (0) | |
| Emmanuel Krontiris | Alemannia Aachen | 8 (0) | |
| Saša Radulović | Rot-Weiß Oberhausen | 8 (0) | |
| Jens Scharping | VfB Lübeck | 8 (0) | |
| Khvicha Shubitidze | Erzgebirge Aue | 8 (0) | |
| 30. | Ivica Grlić | Alemannia Aachen | 7 (3) |
| Marco Küntzel | Arminia Bielefeld | 7 (0) | |
| Sascha Rösler | SpVgg Greuther Fürth | 7 (1) | |
| Thomas Sobotzik | 1. FC Union Berlin | 7 (0) | |
| Goran Šukalo | SpVgg Unterhaching | 7 (0) | |
| Boyko Velichkov | Rot-Weiß Oberhausen | 7 (1) | |
| Danny Winkler | Eintracht Trier | 7 (1) | |
| 37. | Adrian Aliaj | Rot-Weiß Oberhausen | 6 (2) |
| Karsten Hutwelker | Jahn Regensburg | 6 (0) | |
| Matthias Keller | Eintracht Trier | 6 (0) | |
| Leandro Simioni | Rot-Weiß Oberhausen | 6 (0) | |
| Christian Lenze | VfL Osnabrück | 6 (1) | |
| Erik Meijer | Alemannia Aachen | 6 (0) | |
| Youssef Mokhtari | Wacker Burghausen | 6 (0) | |
| Alassane Ouedraogo | Rot-Weiß Oberhausen | 6 (0) | |
| Massimilian Porcello | Arminia Bielefeld | 6 (0) | |
| Željko Sopić | LR Ahlen | 6 (0) | |
| Fatmir Vata | Arminia Bielefeld | 6 (0) | |
| 48. | Silvio Adzic | VfB Lübeck | 5 (0) |
| Antônio da Silva | 1. FSV Mainz 05 | 5 (2) | |
| Benjamin Auer | 1. FSV Mainz 05 | 5 (0) | |
| Musemestre Bamba | LR Ahlen | 5 (0) | |
| Gregg Berhalter | Energie Cottbus | 5 (0) | |
| Skerdilaid Curri | Erzgebirge Aue | 5 (0) | |
| Matthias Heidrich | Erzgebirge Aue | 5 (0) | |
| Adrian Iordache | Energie Cottbus | 5 (0) | |
| Babacar N'Diaye | LR Ahlen | 5 (0) | |
| Matthias Örüm | Wacker Burghausen | 5 (3) | |
| Mike Rietpietsch | Rot-Weiß Oberhausen | 5 (0) | |
| 59. | Timo Achenbach | VfB Lübeck | 4 (0) |
| Cyrille Bella | LR Ahlen | 4 (0) | |
| Henrich Benčík | LR Ahlen | 4 (0) | |
| Dennis Brinkmann | Alemannia Aachen | 4 (0) | |
| Florian Bruns | 1. FC Union Berlin | 4 (0) | |
| Olivier Caillas | SpVgg Greuther Fürth | 4 (0) | |
| Detlev Dammeier | Arminia Bielefeld | 4 (2) | |
| Pavel Drsek | MSV Duisburg | 4 (0) | |
| Anel Džaka | VfL Osnabrück | 4 (0) | |
| Christian Eigler | SpVgg Greuther Fürth | 4 (0) | |
| Manuel Friedrich | 1. FSV Mainz 05 | 4 (0) | |
| Ronny Jank | Erzgebirge Aue | 4 (0) | |
| Alexander Klitzpera | Alemannia Aachen | 4 (0) | |
| Michal Kolomazník | Jahn Regensburg | 4 (0) | |
| Moussa Latoundji | Energie Cottbus | 4 (0) | |
| Zsolt Löw | Energie Cottbus | 4 (0) | |
| Christoph Teinert | 1. FSV Mainz 05 | 4 (0) | |
| Daniel Thioune | VfB Lübeck | 4 (0) | |
| Dino Toppmöller | Erzgebirge Aue | 4 (0) | |
| Mac Younga-Mouhani | Wacker Burghausen | 4 (0) | |
| 79. | Christof Babatz | 1. FSV Mainz 05 | 3 (3) |
| Thomas Broich | Wacker Burghausen | 3 (0) | |
| Thorsten Burkhardt | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Mario Eggimann | Karlsruher SC | 3 (0) | |
| Elton da Costa | SpVgg Unterhaching | 3 (0) | |
| Jörg Emmerich | Erzgebirge Aue | 3 (2) | |
| Marco Gebhardt | Energie Cottbus | 3 (1) | |
| Fabian Gerber | 1. FSV Mainz 05 | 3 (0) | |
| Jiří Kaufman | Energie Cottbus | 3 (1) | |
| Harry Koch | Eintracht Trier | 3 (3) | |
| Jürgen Kramny | 1. FSV Mainz 05 | 3 (0) | |
| Marco Kurth | Erzgebirge Aue | 3 (0) | |
| Antun Labak | Eintracht Trier | 3 (0) | |
| Kai Michalke | Alemannia Aachen | 3 (0) | |
| David Montero | Rot-Weiß Oberhausen | 3 (0) | |
| Nikolče Noveski | Erzgebirge Aue | 3 (0) | |
| Patrick Owomoyela | Arminia Bielefeld | 3 (0) | |
| Frédéric Page | 1. FC Union Berlin | 3 (0) | |
| Paulinho | Jahn Regensburg,LR Ahlen | 3 (0) | |
| Milorad Peković | Eintracht Trier | 3 (0) | |
| Karlheinz Pflipsen | Alemannia Aachen | 3 (0) | |
| Zeljko Radovic | Arminia Bielefeld | 3 (0) | |
| Mirko Reichel | SpVgg Greuther Fürth | 3 (2) | |
| Sreto Ristić | 1. FC Union Berlin | 3 (0) | |
| Bachirou Salou | Alemannia Aachen | 3 (0) | |
| Mirosław Spizak | MSV Duisburg | 3 (0) | |
| Thomas Stehle | 1. FC Nürnberg | 3 (0) | |
| Tibor Tokody | Rot-Weiß Oberhausen | 3 (0) | |
| Robert Vágner | Energie Cottbus | 3 (0) | |
| Niclas Weiland | 1. FSV Mainz 05 | 3 (0) | |
| Martin Willmann | Jahn Regensburg | 3 (0) | |
| Patrick Würll | VfB Lübeck | 3 (0) | |
| 111. | Andre Astorga | Rot-Weiß Oberhausen | 2 (0) |
| Thomas Bælum | MSV Duisburg | 2 (0) | |
| Stefan Binder | Jahn Regensburg | 2 (0) | |
| Chiquinho | LR Ahlen | 2 (0) | |
| El Hadji Dione | Jahn Regensburg | 2 (0) | |
| Marco Engelhardt | Karlsruher SC | 2 (1) | |
| Everaldo | Wacker Burghausen | 2 (0) | |
| Daniel Felgenhauer | LR Ahlen | 2 (0) | |
| Daniel Gómez | Alemannia Aachen | 2 (0) | |
| Dennis Grassow | SpVgg Unterhaching | 2 (0) | |
| Ilia Gruev | MSV Duisburg | 2 (2) | |
| Christian Hassa | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Carsten Keuler | Jahn Regensburg | 2 (0) | |
| Stefan Kießling | 1. FC Nürnberg | 2 (0) | |
| Christian Kritzer | Jahn Regensburg | 2 (0) | |
| Markus Kullig | VfB Lübeck | 2 (1) | |
| Michael Kümmerle | SpVgg Greuther Fürth | 2 (0) | |
| Addy Menga | VfL Osnabrück | 2 (0) | |
| Marek Nikl | 1. FC Nürnberg | 2 (0) | |
| Abderrahim Ouakili | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Marcel Rath | LR Ahlen | 2 (0) | |
| Mark Römer | SpVgg Unterhaching | 2 (0) | |
| Daniel Rosin | Wacker Burghausen | 2 (0) | |
| Timo Rost | Energie Cottbus | 2 (0) | |
| Altin Rraklli | Jahn Regensburg | 2 (0) | |
| Ronald Schmidt | Wacker Burghausen | 2 (2) | |
| Benjamin Schüßler | VfL Osnabrück | 2 (0) | |
| Wolfgang Schütte | VfL Osnabrück | 2 (0) | |
| Jan Seifert | SpVgg Unterhaching | 2 (0) | |
| Danijel Štefulj | 1. FC Nürnberg | 2 (0) | |
| Mario Stieglmair | Jahn Regensburg | 2 (0) | |
| Oliver Straube | Jahn Regensburg | 2 (0) | |
| Andras Tölcseres | Jahn Regensburg | 2 (1) | |
| Bernhard Trares | Karlsruher SC | 2 (0) | |
| Vragel da Silva | Energie Cottbus | 2 (0) | |
| Claudius Weber | 1. FSV Mainz 05 | 2 (0) | |
| Igor Žiković | Wacker Burghausen | 2 (0) | |
| 148. | Lawrence Aidoo | 1. FC Nürnberg | 1 (0) |
| Charles Akonnor | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| Necat Aygün | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| Rachid Azzouzi | SpVgg Greuther Fürth | 1 (1) | |
| Christian Beeck | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Franz Berger | Wacker Burghausen | 1 (0) | |
| Gregor Berger | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Daniel Bogusz | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Tomáš Bruško | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Igor Budiša | Eintracht Trier | 1 (0) | |
| Caio | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Hajrudin Catic | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Lamine Cissé | LR Ahlen | 1 (0) | |
| Christian Claaßen | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Pavel David | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Oktay Derelioğlu | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Florian Dick | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Dame Diouf | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Milan Drageljevic | Eintracht Trier | 1 (0) | |
| Markus Dworrak | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Petar Đenić | LR Ahlen | 1 (0) | |
| Nasir El Kasmi | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Joe Enochs | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| István Ferenczi | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Cristian Fiél | Alemannia Aachen | 1 (0) | |
| Oliver Fink | Jahn Regensburg | 1 (0) | |
| Stefan Frühbeis | Wacker Burghausen | 1 (0) | |
| Petr Gabriel | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Tom Geißler | Wacker Burghausen | 1 (0) | |
| Gledson | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Petr Grund | Erzgebirge Aue | 1 (1) | |
| Dimitrijus Guščinas | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Holger Hasse | VfB Lübeck | 1 (0) | |
| Sebastian Helbig | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| Florian Heller | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Dennis Hillebrand | LR Ahlen,SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Dietmar Hirsch | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Uğur İnceman | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Samuel Ipoua | LR Ahlen | 1 (0) | |
| Lars Kampf | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Ben Newton Katanha | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Rüdiger Kauf | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Ralf Keidel | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Thomas Klasen | Eintracht Trier | 1 (0) | |
| Thomas Kleine | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Markus Knackmuß | Jahn Regensburg | 1 (0) | |
| Slobodan Komljenović | Wacker Burghausen | 1 (0) | |
| Marijan Kovačević | Jahn Regensburg | 1 (0) | |
| Mariusz Kukiełka | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Robert Lechleiter | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| Benjamin Lense | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| Ivica Majstorović | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| George Mbwando | Alemannia Aachen | 1 (0) | |
| Sven Müller | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Tamandani Nsaliwa | Jahn Regensburg | 1 (0) | |
| Christian Okpala | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| Darlington Omodiagbe | SpVgg Unterhaching | 1 (0) | |
| Martin Oslislo | Wacker Burghausen | 1 (0) | |
| Tom Persich | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Reiner Plaßhenrich | VfB Lübeck | 1 (0) | |
| Milorad Popovic | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Rüdiger Rehm | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Marco Rose | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Tony Sanneh | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Jan Schanda | VfB Lübeck | 1 (0) | |
| Frank Scharpenberg | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Ralf Schmitt | Karlsruher SC | 1 (0) | |
| Rouven Schröder | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Jesús Sinisterra | Arminia Bielefeld | 1 (0) | |
| David Siradze | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Samuel Slovák | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Carsten Sträßer | Jahn Regensburg | 1 (0) | |
| Tommy Svindal Larsen | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Zvetomir Tchipev | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Florian Thorwart | VfB Lübeck | 1 (0) | |
| Valdas Trakys | SpVgg Greuther Fürth, VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Peter Van Houdt | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Jan Velkoborský | LR Ahlen | 1 (0) | |
| Kostadin Vidolov | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Andreas Voss | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Andreas Wolf | 1. FC Nürnberg | 1 (0) |
Aufstieg zur Bundesliga 2004/05
3 direkte Aufsteiger in die Bundesliga.
Direkte Aufsteiger
| Mannschaften | Ligen |
| 1. FC Nürnberg | Meister 2. Bundesliga 2003/04 |
| Arminia Bielefeld | Zweiter 2. Bundesliga 2003/04 |
| 1. FSV Mainz 05 | Dritter 2. Bundesliga 2003/04 |
Aufstieg zur 2. Bundesliga 2004/05
Direktaufsteiger
| Mannschaften | Ligen |
| Rot-Weiss Essen | Meister Regionalliga Nord |
| Dynamo Dresden | Vizemeister Regionalliga Nord |
| FC Rot-Weiß Erfurt | Vizemeister Regionalliga Süd |
| 1. FC Saarbrücken1 | Dritter Regionalliga Süd |
Die Amateure des FC Bayern München waren nicht aufstiegsberechtigt, dafür stieg der 1. FC Saarbrücken auf.
