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| # | Spieler | Land | Mannschaft | Tore (11m) |
| 1. | Benjamin Auer | Deutschland | Alemannia Aachen | 16 (0) |
| Cédric Makiadi | DR Kongo | MSV Duisburg | 16 (0) | |
| Marek Mintál | Slowakei | 1. FC Nürnberg | 16 (1) | |
| 4. | Sami Allagui | Tunesien | SpVgg Greuther Fürth | 15 (0) |
| Benjamin Lauth | Deutschland | TSV 1860 München | 15 (0) | |
| 6. | Aristide Bancé | Burkina Faso | 1. FSV Mainz 05 | 14 (0) |
| Erik Jendrišek | Slowakei | 1. FC Kaiserslautern | 14 (0) | |
| Dorge Kouemaha | Kamerun | MSV Duisburg | 14 (0) | |
| Michael Thurk | Deutschland | FC Augsburg | 14 (4) | |
| 10. | Mohamadou Idrissou | Kamerun | SC Freiburg | 13 (0) |
| Lars Toborg | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 13 (2) | |
| 12. | Srđan Lakić | Kroatien | 1. FC Kaiserslautern | 12 (1) |
| Stefan Reisinger | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 12 (0) | |
| 14. | Srđjan Baljak | Serbien | 1. FSV Mainz 05 | 11 (0) |
| Enrico Kern | Deutschland | Hansa Rostock | 11 (2) | |
| 16. | Marius Ebbers | Deutschland | FC St. Pauli | 10 (0) |
| Alexander Ludwig | Deutschland | FC St. Pauli | 10 (3) | |
| 18. | Ersin Demir | Türkei | FC Ingolstadt 04 | 9 (0) |
| 19. | Isaac Boakye | Ghana | 1. FC Nürnberg | 8 (0) |
| Matias Cenci | Argentinien | FSV Frankfurt | 8 (2) | |
| Christian Eigler | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 8 (0) | |
| Mario Fillinger | Deutschland | Hansa Rostock | 8 (0) | |
| Lewis Holtby | Deutschland | Alemannia Aachen | 8 (0) | |
| Emmanuel Krontiris | Deutschland | TuS Koblenz | 8 (0) | |
| 25. | Tommy Bechmann | Dänemark | SC Freiburg | 7 (0) |
| Markus Feulner | Deutschland | 1. FSV Mainz 05 | 7 (0) | |
| Jonathan Jäger | Frankreich | SC Freiburg | 7 (0) | |
| Markus Kaya | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 7 (3) | |
| Thomas Reichenberger | Deutschland | VfL Osnabrück | 7 (0) | |
| Matthew Taylor | USA | TuS Koblenz | 7 (0) | |
| Sandor Torghelle | Ungarn | FC Augsburg | 7 (1) | |
| Sandro Wagner | Deutschland | MSV Duisburg | 7 (0) | |
| 33. | Fin Bartels | Deutschland | Hansa Rostock | 6 (0) |
| Félix Borja | Ecuador | 1. FSV Mainz 05 | 6 (0) | |
| Florian Bruns | Deutschland | FC St. Pauli | 6 (2) | |
| Kevin Großkreutz | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 6 (0) | |
| Junior Hoilett | Kanada | FC St. Pauli | 6 (0) | |
| Ronny König | Deutschland | SV Wehen Wiesbaden | 6 (0) | |
| Vratislav Lokvenc | Tschechien | FC Ingolstadt 04 | 6 (0) | |
| Matej Mavrič | Slowenien | TuS Koblenz | 6 (4) | |
| Bernd Nehrig | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 6 (3) | |
| Szilárd Németh | Slowakei | Alemannia Aachen | 6 (0) | |
| Sanibal Orahovac | Montenegro | SV Wehen Wiesbaden | 6 (0) | |
| Julian Schuster | Deutschland | SC Freiburg | 6 (1) | |
| Mike Terranova | Italien | Rot-Weiß Oberhausen | 6 (0) | |
| Tobias Werner | Deutschland | FC Augsburg | 6 (0) | |
| 47. | Thomas Cichon | Deutschland | VfL Osnabrück | 5 (5) |
| Timo Gebhart | Deutschland | TSV 1860 München | 5 (0) | |
| Miroslav Karhan | Slowakei | 1. FSV Mainz 05 | 5 (3) | |
| Njazi Kuqi | Finnland | TuS Koblenz | 5 (0) | |
| Christopher Nöthe | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 5 (0) | |
| Kevin Schindler | Deutschland | Hansa Rostock | 5 (0) | |
| Daniel Schwaab | Deutschland | SC Freiburg | 5 (4) | |
| Zoltán Stieber | Ungarn | TuS Koblenz | 5 (0) | |
| Filip Trojan | Tschechien | FC St. Pauli | 5 (1) | |
| 56. | Martin Amedick | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 4 (0) |
| Angelo Barletta | Italien | FSV Frankfurt | 4 (0) | |
| Daniel Bierofka | Deutschland | TSV 1860 München | 4 (0) | |
| Marvin Braun | Deutschland | VfL Osnabrück | 4 (0) | |
| Leonhard Haas | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 4 (0) | |
| Ivo Iličević | Kroatien | SpVgg Greuther Fürth | 4 (0) | |
| Peer Kluge | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 4 (0) | |
| Matthias Lehmann | Deutschland | Alemannia Aachen | 4 (1) | |
| Julian Lüttmann | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 4 (0) | |
| Patrick Milchraum | Deutschland | Alemannia Aachen | 4 (0) | |
| Youssef Mokhtari | Marokko | FSV Frankfurt | 4 (0) | |
| Deniz Naki | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 4 (0) | |
| Nikolče Noveski | Nordmazedonien | 1. FSV Mainz 05 | 4 (0) | |
| Marco Reus | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 4 (0) | |
| Vitaliy Rodionov | Belarus | SC Freiburg | 4 (0) | |
| Morike Sako | Frankreich | FC St. Pauli | 4 (1) | |
| Sidney Sam | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 4 (1) | |
| Manuel Schäffler | Deutschland | TSV 1860 München | 4 (0) | |
| Fiete Sykora | Deutschland | VfL Osnabrück | 4 (0) | |
| Ömer Toprak | Türkei | SC Freiburg | 4 (0) | |
| Steffen Wohlfarth | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 4 (0) | |
| 77. | Yacine Abdessadki | Marokko | SC Freiburg | 3 (0) |
| Henrich Benčík | Slowakei | FSV Frankfurt | 3 (0) | |
| Lars Bender | Deutschland | TSV 1860 München | 3 (0) | |
| Thorsten Burkhardt | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Heiko Butscher | Deutschland | SC Freiburg | 3 (0) | |
| Đorđije Ćetković | Montenegro | Hansa Rostock, VfL Osnabrück | 3 (0) | |
| Cidimar | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Pierre De Wit | Deutschland | VfL Osnabrück | 3 (1) | |
| Florian Dick | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 3 (0) | |
| Régis Dorn | Frankreich | Hansa Rostock | 3 (0) | |
| Anel Džaka | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 3 (0) | |
| Nico Frommer | Deutschland | VfL Osnabrück | 3 (0) | |
| Ivica Grlić | Bosnien-Herzegowina | MSV Duisburg | 3 (0) | |
| Philipp Heithölter | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 3 (0) | |
| Tim Hoogland | Deutschland | 1. FSV Mainz 05 | 3 (0) | |
| Markus Karl | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 3 (0) | |
| Aleksandar Kotuljac | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Tim Kruse | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 3 (0) | |
| Robert Lechleiter | Deutschland | Hansa Rostock | 3 (0) | |
| Benjamin Lense | Deutschland | Hansa Rostock | 3 (0) | |
| Uwe Möhrle | Deutschland | FC Augsburg | 3 (0) | |
| René Müller | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 3 (0) | |
| Andreas Neuendorf | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 3 (0) | |
| Seyi Olajengbesi | Nigeria | Alemannia Aachen | 3 (0) | |
| Orestes | Brasilien | Hansa Rostock | 3 (0) | |
| Dominic Peitz | Deutschland | VfL Osnabrück | 3 (0) | |
| Sercan Sararer | Türkei | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Thomas Schlieter | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 3 (0) | |
| Dajan Šimac | Deutschland | SV Wehen Wiesbaden | 3 (0) | |
| Josh Simpson | Kanada | 1. FC Kaiserslautern | 3 (0) | |
| Goran Šukalo | Slowenien | TuS Koblenz | 3 (0) | |
| Imre Szabics | Ungarn | FC Augsburg | 3 (0) | |
| Charles Takyi | Ghana | SpVgg Greuther Fürth | 3 (0) | |
| Fatmir Vata | Albanien | TuS Koblenz | 3 (0) | |
| Dario Vidošić | Australien | 1. FC Nürnberg | 3 (0) | |
| Michael Wenczel | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 3 (0) | |
| 113. | Nicky Adler | Deutschland | MSV Duisburg | 2 (0) |
| Chadli Amri | Algerien | 1. FSV Mainz 05 | 2 (0) | |
| Ivica Banović | Kroatien | SC Freiburg | 2 (0) | |
| Änis Ben-Hatira | Tunesien | MSV Duisburg | 2 (0) | |
| Fabian Boll | Deutschland | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Daniel Brinkmann | Deutschland | Alemannia Aachen | 2 (0) | |
| Björn Brunnemann | Deutschland | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Markus Brzenska | Deutschland | MSV Duisburg | 2 (0) | |
| Andreas Buchner | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 2 (0) | |
| Du-ri Cha | Südkorea | TuS Koblenz | 2 (0) | |
| Markus Daun | Deutschland | Alemannia Aachen | 2 (1) | |
| Elton da Costa | Brasilien | FC Augsburg | 2 (0) | |
| Marco Engelhardt | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 2 (0) | |
| Cristian Fiél | Deutschland | Alemannia Aachen | 2 (0) | |
| Mike Frantz | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 2 (0) | |
| Lars Fuchs | Deutschland | VfL Osnabrück | 2 (0) | |
| Henning Grieneisen | Deutschland | VfL Osnabrück | 2 (0) | |
| Mourad Hdiouad | Marokko | FC Augsburg | 2 (0) | |
| Matthias Heidrich | Deutschland | VfL Osnabrück | 2 (0) | |
| Florian Heller | Deutschland | 1. FSV Mainz 05 | 2 (0) | |
| Rouwen Hennings | Deutschland | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Markus Heppke | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 2 (0) | |
| Kai Hesse | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 2 (0) | |
| Torben Hoffmann | Deutschland | TSV 1860 München | 2 (0) | |
| Markus Husterer | Deutschland | FSV Frankfurt | 2 (0) | |
| Fabian Johnson | USA | TSV 1860 München | 2 (0) | |
| Daniel Jungwirth | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 2 (2) | |
| Erwin Koen | Niederlande | SV Wehen Wiesbaden | 2 (1) | |
| Maicon | Brasilien | MSV Duisburg | 2 (0) | |
| Gaetano Manno | Deutschland | VfL Osnabrück | 2 (0) | |
| Christian Mikolajczak | Deutschland | FSV Frankfurt | 2 (0) | |
| Florian Müller | Deutschland | Alemannia Aachen | 2 (0) | |
| Emil Noll | Deutschland | FSV Frankfurt | 2 (0) | |
| Hervé Oussalé | Burkina Faso | Alemannia Aachen | 2 (0) | |
| Dragan Paljić | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 2 (0) | |
| Valdet Rama | Albanien | FC Ingolstadt 04 | 2 (0) | |
| Martin Retov | Dänemark | Hansa Rostock | 2 (0) | |
| Olcay Şahan | Türkei | MSV Duisburg | 2 (0) | |
| Amir Shapourzadeh | Iran | FSV Frankfurt | 2 (0) | |
| Benjamin Siegert | Deutschland | SV Wehen Wiesbaden | 2 (0) | |
| Andrew Sinkala | Sambia | FC Augsburg | 2 (0) | |
| Elkin Soto | Kolumbien | 1. FSV Mainz 05 | 2 (0) | |
| Dominik Stroh-Engel | Deutschland | SV Wehen Wiesbaden | 2 (0) | |
| Łukasz Szukała | Polen | Alemannia Aachen | 2 (0) | |
| Mihai Tararache | Rumänien | MSV Duisburg | 2 (2) | |
| Markus Thorandt | Deutschland | TSV 1860 München | 2 (0) | |
| Rüdiger Ziehl | Deutschland | TuS Koblenz | 2 (0) | |
| Marcel Ziemer | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern, Wehen Wiesbaden | 2 (0) | |
| 161. | Daniel Baier | Deutschland | FC Augsburg | 1 (0) |
| Fabrice Begeorgi | Frankreich | TuS Koblenz | 1 (0) | |
| Axel Bellinghausen | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Pascal Bieler | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Marino Biliskov | Kroatien | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Gennadiy Bliznyuk | Belarus | FSV Frankfurt | 1 (0) | |
| Dragan Bogavac | Montenegro | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Nils-Ole Book | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 1 (0) | |
| Delron Buckley | Südafrika | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Niko Bungert | Deutschland | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Albert Bunjaku | Kosovo | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Marcel Busch | Deutschland | Rot Weiss Ahlen | 1 (0) | |
| Mirko Casper | Deutschland | Alemannia Aachen | 1 (0) | |
| Angelos Charisteas | Griechenland | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Daniel Chitsulo | Malawi | Rot Weiss Ahlen | 1 (0) | |
| José Cholevas | Griechenland | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Gregory Christ | Frankreich | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Aïmen Demai | Tunesien | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Bakary Diakité | Deutschland | SV Wehen Wiesbaden | 1 (0) | |
| Ardijan Djokaj | Montenegro | TuS Koblenz | 1 (0) | |
| Chinedu Ede | Deutschland | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Marcel Eger | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Konstantin Engel | Kasachstan | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Kim Falkenberg | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Daniel Felgenhauer | Deutschland | SpVgg Greuther Fürth | 1 (1) | |
| Manuel Fischer | Deutschland | TuS Koblenz | 1 (0) | |
| Danny Fuchs | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Tom Geißler | Deutschland | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Grover Gibson | USA | Rot Weiss Ahlen | 1 (0) | |
| Gledson | Brasilien | Hansa Rostock | 1 (0) | |
| Andreas Glockner | Deutschland | SC Freiburg | 1 (0) | |
| Ali Güneş | Türkei | SC Freiburg | 1 (0) | |
| Daniel Gygax | Schweiz | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Stephan Hain | Deutschland | FC Augsburg | 1 (0) | |
| Marcel Heller | Deutschland | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Ingo Hertzsch | Deutschland | FC Augsburg | 1 (0) | |
| Manuel Hornig | Deutschland | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Manuel Junglas | Deutschland | Alemannia Aachen | 1 (0) | |
| Asen Karaslavov | Bulgarien | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Ferhat Kıskanç | Türkei | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Marko Kopilaš | Deutschland | SV Wehen Wiesbaden | 1 (0) | |
| Markus Kreuz | Deutschland | FSV Frankfurt | 1 (0) | |
| Pavel Krmaš | Tschechien | SC Freiburg | 1 (0) | |
| Mustafa Kučuković | Deutschland | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Nikolas Ledgerwood | Kanada | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Stefan Leitl | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 1 (0) | |
| Krisztián Lisztes | Ungarn | Hansa Rostock | 1 (0) | |
| Darko Maletić | Bosnien-Herzegowina | TuS Koblenz | 1 (0) | |
| Dominic Maroh | Slowenien | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Sead Mehic | Bosnien-Herzegowina | FSV Frankfurt | 1 (0) | |
| Marinko Miletic | Kroatien | Rot Weiss Ahlen | 1 (0) | |
| Oualid Mokhtari | Marokko | FSV Frankfurt | 1 (0) | |
| David Müller | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Henri Myntti | Finnland | Hansa Rostock | 1 (0) | |
| Mario Neunaber | Deutschland | FC Ingolstadt 04 | 1 (0) | |
| Abdulkadir Özgen | Türkei | Alemannia Aachen | 1 (0) | |
| Aykut Öztürk | Türkei | SV Wehen Wiesbaden | 1 (0) | |
| Peter Perchtold | Deutschland | 1. FC Nürnberg | 1 (0) | |
| Ricky Pinheiro | Portugal | 1. FC Kaiserslautern | 1 (0) | |
| Javier Pinola | Argentinien | 1. FC Nürnberg | 1 (1) | |
| Mark Prettenthaler | Österreich | FC Augsburg | 1 (0) | |
| Laurentiu Reghecampf | Rumänien | 1. FC Kaiserslautern | 1 (1) | |
| Tim Reichert | Deutschland | Rot-Weiß Oberhausen | 1 (0) | |
| Andreas Richter | Deutschland | TuS Koblenz | 1 (0) | |
| Sascha Rösler | Deutschland | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Junior Ross | Peru | FSV Frankfurt | 1 (0) | |
| Carsten Rothenbach | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Antonio Rukavina | Serbien | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Michael Schick | Deutschland | TSV 1860 München | 1 (0) | |
| Kevin Schlitte | Deutschland | SC Freiburg | 1 (0) | |
| René Schnitzler | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Fabian Schönheim | Deutschland | Kaiserslautern, Wehen Wiesbaden | 1 (0) | |
| Stephan Schröck | Philippinen | SpVgg Greuther Fürth | 1 (0) | |
| Timo Schultz | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Thomas Stehle | Deutschland | Alemannia Aachen | 1 (0) | |
| Mathias Surmann | Deutschland | VfL Osnabrück | 1 (0) | |
| Georgios Theodoris | Griechenland | FSV Frankfurt | 1 (1) | |
| Christian Tiffert | Deutschland | MSV Duisburg | 1 (0) | |
| Suat Türker | Türkei | SC Freiburg | 1 (0) | |
| David Ulm | Frankreich | FSV Frankfurt | 1 (0) | |
| Peter Van Der Heyden | Belgien | 1. FSV Mainz 05 | 1 (0) | |
| Hrvoje Vuković | Kroatien | Alemannia Aachen | 1 (0) |
Aufstieg zur Bundesliga 2009/10
Der Relegationsmodus kehrte zurück. Der Meister und der Vizemeister stiegen direkt auf. Der Drittplatzierte spielte in der Relegation gegen den 16. der Bundesliga.
Direkte Aufsteiger
| Mannschaften | Ligen |
| SC Freiburg | Meister 2. Bundesliga 2008/09 |
| 1. FSV Mainz 05 | Zweiter 2. Bundesliga 2008/09 |
Relegation Bundesliga – 2. Bundesliga
| Zweiter Süd | Gesamt | Zweiter Nord | Hinspiel | Rückspiel |
| Energie Cottbus | 0:5 | 1. FC Nürnberg | 0:3 | 0:2 |
Aufstieg zur 2. Bundesliga (3. Liga seit 2008/09)
Modus
Die zwei Staffeln der Regionalliga (Nord und Süd) wurden zu einer eingleisigen 3. Liga zusammengefasst. Die ersten beiden Mannschaften steigen direkt auf, der Tabellendritte spielt in der Relegation in zwei Entscheidungsspielengegen den Drittletzten der 2. Bundesliga um den Aufstieg.
Aufstieg zur 2. Bundesliga 2009/10
Direktaufsteiger
| Mannschaften | Ligen |
| 1. FC Union Berlin | Meister 3. Liga 2008/09 |
| Fortuna Düsseldorf | Vizemeister 3. Liga 2008/09 |
Relegation
Der SC Paderborn 07 erreichte den dritten Platz in der Saison 2008/09 und trat deswegen gegen den 16. der 2. Bundesliga, den VfL Osnabrück, an.
| Datum | Ergebnis | ||
|---|---|---|---|
| 29. Mai 2009 | SC Paderborn 07 | 1:0 (0:0) | VfL Osnabrück |
| 1. Juni 2009 | VfL Osnabrück | 0:1 (0:0) | SC Paderborn 07 |
| Gesamt: | SC Paderborn 07 | 2:0 | VfL Osnabrück |
