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| # | Spieler | Land | Mannschaft | Tore (11m) |
| 1. | Detlef Irrgang | Deutschland | Energie Cottbus | 24 (0) |
| 2. | Mikhail Rusayev | Russland | TeBe Berlin | 22 (3) |
| 3. | Sergej Barbarez | Bosnien-Herzegowina | 1. FC Union Berlin | 17 (1) |
| 4. | Jacek Frąckiewicz | Polen | 1. FC Union Berlin | 16 (3) |
| 5. | Harun Isa | Albanien | TeBe Berlin | 15 (0) |
| Igor Lazic | Bosnien-Herzegowina | Dynamo Dresden | 15 (0) | |
| 7. | Oleg Golovan | Ukraine | Sachsen Leipzig | 14 (0) |
| 8. | Marek Czakon | Polen | 1. FC Union Berlin | 13 (0) |
| Mayk Goschin | Deutschland | FSV 90 Velten | 13 (0) | |
| Mikhail Pronichev | Russland | FC Berlin | 13 (1) | |
| 11. | Bernd Jopek | Deutschland | Spandauer SV | 12 (0) |
| Stephan Kuhlow | Deutschland | Hertha Zehlendorf, Reinickend. Füchse | 12 (0) | |
| Jan Schmidt | Deutschland | Erzgebirge Aue | 12 (0) | |
| 14. | Faruk Namdar | Deutschland | Reinickendorfer Füchse | 11 (0) |
| Fred Wonneberger | Deutschland | Bischofswerdaer FV | 11 (0) | |
| 16. | Henry Berg | Deutschland | Erzgebirge Aue | 10 (0) |
| Maik Eidtner | Deutschland | Spandauer SV | 10 (0) | |
| Danilo Kunze | Deutschland | Erzgebirge Aue | 10 (1) | |
| Frank Seifert | Deutschland | Energie Cottbus | 10 (0) | |
| 20. | Thomas Adler | Deutschland | TeBe Berlin | 9 (0) |
| Hans-Jörg Leitzke | Deutschland | Sachsen Leipzig | 9 (2) | |
| Rainer Wiedemann | Deutschland | Lok Altmark Stendal | 9 (0) | |
| 23. | Christian Fährmann | Deutschland | Hertha BSC II | 8 (0) |
| Dariusz Pasieka | Polen | Dynamo Dresden | 8 (0) | |
| Jörg Schmidt | Deutschland | Dynamo Dresden | 8 (0) | |
| Markus Stern | Deutschland | Hertha BSC II | 8 (2) | |
| 27. | Sven Benken | Deutschland | Energie Cottbus | 7 (0) |
| Hartmut Berndt | Deutschland | FSV 90 Velten | 7 (0) | |
| Toralf Konetzke | Deutschland | Energie Cottbus | 7 (0) | |
| Sven Kubis | Deutschland | Energie Cottbus | 7 (0) | |
| 31. | Thorsten Boer | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 6 (0) |
| Heiko Brestrich | Deutschland | FC Berlin | 6 (1) | |
| Denis Koslov | Russland | FSV 90 Velten | 6 (0) | |
| Sven Kretschmer | Deutschland | Reinickendorfer Füchse | 6 (3) | |
| Niels Mackel | Deutschland | FC Berlin, TeBe Berlin | 6 (0) | |
| Silvio Schade | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 6 (0) | |
| Andreas Schiemann | Deutschland | Hertha BSC II | 6 (0) | |
| Dirk Schlegel | Deutschland | FSV 90 Velten | 6 (4) | |
| Karsten Schulz | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 6 (2) | |
| Mirko Ullmann | Deutschland | Erzgebirge Aue | 6 (0) | |
| Jan Wehrmann | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 6 (1) | |
| René Wenzel | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 6 (1) | |
| 43. | Müslim Can | Türkei | Reinickendorfer Füchse | 5 (0) |
| Badri Danelia | Georgien | Optik Rathenow | 5 (3) | |
| Andreas Diebitz | Deutschland | Bischofswerdaer FV | 5 (0) | |
| Jens Große | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 5 (0) | |
| Jens Härtel | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 5 (0) | |
| Ronny Hebestreit | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 5 (0) | |
| Michael Hecht | Deutschland | Dynamo Dresden | 5 (0) | |
| Oliver Holzbecher | Deutschland | Reinickendorfer Füchse | 5 (0) | |
| René Kiel | Deutschland | Wacker Nordhausen | 5 (1) | |
| Marcus Kolbuch | Deutschland | FSV 90 Velten | 5 (0) | |
| Jörn Lenz | Deutschland | TeBe Berlin | 5 (0) | |
| Steffen Lenz | Deutschland | Lok Altmark Stendal | 5 (0) | |
| Steffen Ziffert | Deutschland | Sachsen Leipzig | 5 (0) | |
| 56. | Taşkın Aksoy | Türkei | TeBe Berlin | 4 (1) |
| Frank Bartz | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 4 (0) | |
| Sven Bergen | Deutschland | Lok Altmark Stendal | 4 (0) | |
| Jan Dohrwardt | Deutschland | Hertha BSC II | 4 (0) | |
| Martino Gatti | Italien | TeBe Berlin | 4 (0) | |
| Ayhan Gezen | Deutschland | Hertha BSC II | 4 (0) | |
| Ralf Heider | Deutschland | Wacker Nordhausen | 4 (0) | |
| Thomas Herbst | Deutschland | Hertha Zehlendorf | 4 (0) | |
| Markus Hoffmann | Deutschland | Lok Altmark Stendal | 4 (0) | |
| Sven Kaiser | Deutschland | Hertha BSC II, Sachsen Leipzig | 4 (0) | |
| Daniel Lehmann | Deutschland | Hertha Zehlendorf | 4 (0) | |
| Boris Lucic | Kroatien | Erzgebirge Aue | 4 (0) | |
| Mario Maek | Deutschland | FC Berlin | 4 (2) | |
| Nikica Maglica | Kroatien | Dynamo Dresden | 4 (2) | |
| Frank Nierlich | Deutschland | Sachsen Leipzig | 4 (0) | |
| Ralf Rambow | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 4 (1) | |
| Werner Rank | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 4 (0) | |
| Marko Rehmer | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 4 (0) | |
| Isa Sadriu | Kosovo | Hertha Zehlendorf | 4 (0) | |
| Nico Scheller | Deutschland | Wacker Nordhausen | 4 (0) | |
| Hagen Schmidt | Deutschland | Wacker Nordhausen | 4 (0) | |
| Frank Schneider | Deutschland | Wacker Nordhausen | 4 (1) | |
| Maik Schulz | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 4 (2) | |
| Jens Thiemig | Deutschland | Sachsen Leipzig | 4 (0) | |
| Abdulkadir Unutkan | Türkei | Spandauer SV | 4 (0) | |
| Vidmantas Vysniauskas | Litauen | Sachsen Leipzig | 4 (0) | |
| 82. | Dinalo Adigo | Benin | Lok Altmark Stendal | 3 (0) |
| Olaf Backasch | Deutschland | TeBe Berlin | 3 (0) | |
| Olaf Besser | Deutschland | Energie Cottbus | 3 (0) | |
| Andre Beutler | Deutschland | FSV 90 Velten | 3 (0) | |
| Guido Block | Deutschland | Optik Rathenow | 3 (0) | |
| Nils Buschner | Deutschland | Bischofswerdaer FV | 3 (0) | |
| Ronny Dau | Deutschland | Lok Altmark Stendal | 3 (0) | |
| Rock Embingou | Kongo | Lok Altmark Stendal | 3 (0) | |
| Carsten Gebell | Deutschland | Hertha BSC II | 3 (1) | |
| Gabriele Graziani | Italien | Hertha BSC II | 3 (0) | |
| Steffen Hammermüller | Deutschland | Sachsen Leipzig | 3 (1) | |
| Kakhaber Katcharava | Georgien | TeBe Berlin | 3 (0) | |
| René Laschzok | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 3 (0) | |
| Frank Ludwig | Deutschland | Wacker Nordhausen | 3 (0) | |
| Stefan Otto | Deutschland | Wacker Nordhausen | 3 (0) | |
| Nico Patschinski | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 3 (0) | |
| Khvicha Shubitidze | Georgien | Optik Rathenow | 3 (0) | |
| Ervin Skela | Albanien | 1. FC Union Berlin | 3 (0) | |
| Rene Thieme | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 3 (0) | |
| Alexander Tolmatschev | Russland | FSV 90 Velten | 3 (0) | |
| Andy Wagner | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 3 (0) | |
| 103. | Thoralf Arndt | Deutschland | FC Berlin | 2 (0) |
| Sven Baum | Deutschland | Dynamo Dresden | 2 (0) | |
| Mike Buth | Deutschland | Hertha Zehlendorf, FSV 90 Velten | 2 (0) | |
| Manuel Cornelius | Deutschland | Hertha Zehlendorf | 2 (0) | |
| Thomas Dahlke | Deutschland | FC Berlin | 2 (0) | |
| Sven Ehlert | Deutschland | Optik Rathenow | 2 (0) | |
| Jens Eisenschmidt | Deutschland | Wacker Nordhausen | 2 (0) | |
| Torsten Feetz | Deutschland | Sachsen Leipzig | 2 (0) | |
| Marko Große | Deutschland | Wacker Nordhausen | 2 (0) | |
| Tim Gutberlet | Deutschland | TeBe Berlin | 2 (0) | |
| Andreas Hain | Deutschland | Bischofswerdaer FV | 2 (0) | |
| Michael Hennig | Deutschland | Energie Cottbus | 2 (0) | |
| Thomas Herz | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 2 (0) | |
| Thomas Hoßmang | Deutschland | Dynamo Dresden | 2 (0) | |
| Miroslav Jagatic | Deutschland | Reinickend. Füchse, Spandauer SV | 2 (0) | |
| Antoni Jeleń | Polen | Dynamo Dresden, Sachsen Leipzig | 2 (0) | |
| Sven Köhler | Deutschland | Erzgebirge Aue | 2 (0) | |
| Dirk Kunert | Deutschland | Hertha Zehlendorf | 2 (0) | |
| Eike Küttner | Deutschland | Spandauer SV | 2 (0) | |
| Ante Markesic | Bosnien-Herzegowina | Rot-Weiß Erfurt | 2 (0) | |
| Marco Meldau | Deutschland | Wacker Nordhausen | 2 (0) | |
| Roman Müller | Deutschland | FC Berlin | 2 (0) | |
| Dirk Muschiol | Deutschland | Reinickendorfer Füchse | 2 (0) | |
| Heiko Nowak | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 2 (0) | |
| Adnan Ocelli | Albanien | 1. FC Union Berlin | 2 (0) | |
| Daniel Petrowsky | Deutschland | FC Berlin | 2 (0) | |
| Jens Reckmann | Deutschland | FC Berlin | 2 (0) | |
| Tekin Sazlog | Türkei | Optik Rathenow | 2 (0) | |
| Steffen Schmidt | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 2 (0) | |
| Michael Steffen | Deutschland | FC Berlin | 2 (0) | |
| Frank Streisel | Deutschland | Optik Rathenow | 2 (0) | |
| Borislav Tomoski | Nordmazedonien | Erzgebirge Aue | 2 (0) | |
| Hasan Vural | Türkei | Reinickendorfer Füchse | 2 (0) | |
| Jörg Woltmann | Deutschland | Energie Cottbus | 2 (0) | |
| Martin Zimmer | Deutschland | Spandauer SV | 2 (0) | |
| 138. | Moudachirou Amadou | Benin | Erzgebirge Aue | 1 (0) |
| Jörg Bartz | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 1 (0) | |
| Uli Bayerschmidt | Deutschland | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Hassan Chaabo | Marokko | Spandauer SV | 1 (0) | |
| René Deffke | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Mario Dzajic | Kroatien | FC Berlin | 1 (0) | |
| Erkan Erdogan | Deutschland | Hertha BSC II | 1 (0) | |
| Udo Fankhänel | Deutschland | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Holger Fraedrich | Deutschland | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Michael Franke | Deutschland | FC Berlin | 1 (0) | |
| Christian Fröhlich | Deutschland | Dynamo Dresden | 1 (0) | |
| Sascha Geister | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 1 (0) | |
| Thomas Giehl | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 1 (0) | |
| Andreas Gogsch | Deutschland | Wacker Nordhausen | 1 (0) | |
| Brian Gohr | Deutschland | Energie Cottbus | 1 (0) | |
| Jens Henschel | Deutschland | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Frank Kestner | Deutschland | Optik Rathenow | 1 (0) | |
| Marcel König | Deutschland | Hertha BSC II | 1 (0) | |
| Mario Kreibich | Deutschland | Bischofswerdaer FV | 1 (0) | |
| Marco Küntzel | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Guido Magdeburg | Deutschland | Bischofswerdaer FV | 1 (0) | |
| Bernd Maier | Deutschland | Spandauer SV | 1 (0) | |
| Helge Mankowski | Deutschland | Hertha Zehlendorf | 1 (0) | |
| Tobias Mielke | Deutschland | Hertha BSC II | 1 (0) | |
| Mentor Miftari | Albanien | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Ali Moustapha | Niger | Hertha BSC II | 1 (0) | |
| Jörg Niederhübner | Deutschland | Spandauer SV | 1 (0) | |
| Peter Oberschmidt | Deutschland | Optik Rathenow | 1 (0) | |
| Sven Ohly | Deutschland | FC Berlin | 1 (0) | |
| Jörg Palke | Deutschland | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Tom Persich | Deutschland | 1. FC Union Berlin | 1 (0) | |
| Yves Riechmann | Deutschland | Optik Rathenow | 1 (0) | |
| Frank Rietschel | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Uwe Saalbach | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Holger Sattler | Deutschland | Hertha Zehlendorf | 1 (0) | |
| Vidas Savickas | Litauen | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Michael Schmidt | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 1 (0) | |
| Stephan Schmidt | Deutschland | Reinickendorfer Füchse | 1 (0) | |
| Jan Schönebeck | Deutschland | Hertha BSC II | 1 (0) | |
| Mario Schröter | Deutschland | Bischofswerdaer FV | 1 (0) | |
| Thomas Schwöbel | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 1 (0) | |
| Michael Steiner | Deutschland | Reinickendorfer Füchse | 1 (0) | |
| Carsten Stern | Deutschland | Hertha BSC II | 1 (0) | |
| Antal Topor | Ungarn | Lok Altmark Stendal | 1 (0) | |
| Uwe Vogel | Deutschland | Erzgebirge Aue | 1 (0) | |
| Jörg Weber | Deutschland | TeBe Berlin | 1 (0) | |
| Heiko Weinrich | Deutschland | Rot-Weiß Erfurt | 1 (0) | |
| Kay Wenschlag | Deutschland | Energie Cottbus | 1 (1) | |
| Mike Wenzel | Deutschland | Hertha Zehlendorf | 1 (0) | |
| Ulf Wiemer | Deutschland | Stahl Eisenhüttenstadt | 1 (0) | |
| Judd Willmann | USA | Reinickendorfer Füchse | 1 (0) | |
| Uwe Woyde | Deutschland | Spandauer SV | 1 (1) | |
| Jens-Uwe Zöphel | Deutschland | Energie Cottbus | 1 (0) |
Geschichte
Die viergleisige Regionalliga startete 1994/95 ihren Spielbetrieb als dritthöchste deutsche Spielklasse und löste damit die Oberliga als dritthöchste Liga ab. Neben der Regionalliga Nordost gab es noch die Regionalligen Nord, West/Südwest und Süd. Ursprünglich sollte die Regionalliga nur dreigleisig in Nord/Nordost, West/Südwest und Süd eingeteilt werden. Da die Regionen Nord und Nordost zusammen fast die Hälfte der Fläche der Bundesrepublik einnehmen, legten die jeweiligen Regionalverbände Einspruch gegen eine gemeinsame Staffel ein. Im ersten Jahr genehmigte der DFB übergangsweise einen Spielbetrieb in den getrennten Staffeln Nord und Nordost.
In der Premierensaison starteten folgende Vereine in der Regionalliga Nordost:
- Absteiger des NOFV aus der 2. Bundesliga der Saison 1993/94: FC Carl Zeiss Jena und Tennis Borussia Berlin
- Qualifikanten aus den NOFV-Oberliga-Staffeln Nord, Mitte und Süd der Saison 1993/94:
- Staffel Nord: BSV Stahl Brandenburg, Eisenhüttenstädter FC Stahl, Reinickendorfer Füchse, FC Berlin, Spandauer SV, FSV Optik Rathenow
- Staffel Mitte: 1. FC Union Berlin, Energie Cottbus, Türkiyemspor Berlin, FSV Lok Altmark Stendal, Hertha BSC Amateure, Hertha Zehlendorf
- Staffel Süd: FC Rot-Weiß Erfurt, FC Erzgebirge Aue, FC Sachsen Leipzig, Bischofswerdaer FV 08
Ab dem zweiten Jahr wurde einer Teilung der Staffeln nur unter der Auflage zugestimmt, dass Norden und Nordosten insgesamt nur einen Aufsteiger in die 2. Bundesliga stellen. Das hatte zur Folge, dass ab der Saison 1995/96 die Meister beider Staffeln in zwei Relegationsspielen den Aufsteiger ermittelten. Nach zahlreichen Protesten der betroffenen Verbände wurde dem Verlierer der Relegationsspiele ab der Saison 1997/98 eine zweite Chance auf den Aufstieg gewährt. In einer weiteren Relegationsrunde spielte er gegen den Zweitplatzierten der West/Südwest- und den Zweitplatzierten der Süd-Staffel um den neu eingeführten vierten Aufstiegsplatz.
Im Sommer 2000 wurde die Zahl der Staffeln auf der dritthöchsten deutschen Ligaebene von vier auf zwei reduziert und die Absteiger aus der 2. Bundesliga sowie die besten Mannschaften der vier Regionalliga-Staffeln wurden in eine Nord- und eine Süd-Staffel aufgeteilt. Die Mannschaften der Tabellenplätze zwei bis sechs der Regionalliga Nordost 1999/2000, Dresdner SC, FC Erzgebirge Aue, FC Carl Zeiss Jena, SV Babelsberg 03, FC Sachsen Leipzig, qualifizierten sich direkt für die neue Regionalliga. Der Tabellensiebte FC Rot-Weiß Erfurt wahrte die Drittklassigkeit in zwei Relegationsspielen gegen den Meister der viertklassigen Fußball-Oberliga Nordost 1999/2000. Das Hinspiel gegen den FC Schönberg 95 verlor Erfurt 0:1, das Rückspiel gewann der Traditionsverein 4:1. Carl Zeiss Jena und Rot-Weiß Erfurt wurden in die Süd- und die anderen Nordost-Mannschaften in die Nord-Staffel eingruppiert. Alle Vereine der Regionalliga Nordost 1999/2000 ab Platz acht stiegen in die Oberliga Nordost ab.
