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| # | Spieler | Land | Mannschaft | Tore (11m) |
| 1. | Markus Feldhoff | Deutschland | KFC Uerdingen 05 | 22 (11) |
| 2. | Veselin Gerov | Bulgarien | SC Paderborn 07 | 19 (8) |
| Alexander Löbe | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 19 (0) | |
| 4. | Erwin Koen | Niederlande | Rot-Weiss Essen | 18 (4) |
| 5. | Daniel Teixeira | Brasilien | Holstein Kiel | 17 (3) |
| 6. | Abdul Iyodo | Nigeria | FC Schalke 04 II | 13 (0) |
| Markus Katriniok | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 13 (2) | |
| Benjamin Köhler | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 13 (0) | |
| Denis Koslov | Russland | Sachsen Leipzig | 13 (0) | |
| Ahmet Kuru | Türkei | Werder Bremen II | 13 (0) | |
| Michél Mazingu-Dinzey | DR Kongo | Eintracht Braunschweig | 13 (2) | |
| 12. | Aleš Kohout | Tschechien | Wuppertaler SV | 12 (0) |
| 13. | Mourad Bounoua | Frankreich | FC St. Pauli | 11 (4) |
| Oliver Ebersbach | Deutschland | Wuppertaler SV | 11 (2) | |
| Sebastian Wojcik | Deutschland | Holstein Kiel | 11 (0) | |
| 16. | Sven Beck | Deutschland | VfR Neumünster | 10 (2) |
| Nermin Celikovic | Bosnien-Herzegowina | 1. FC Köln II | 10 (3) | |
| Maik Wagefeld | Deutschland | Dynamo Dresden | 10 (5) | |
| 19. | Christian Fröhlich | Deutschland | Dynamo Dresden | 9 (2) |
| Joshua Kennedy | Australien | 1. FC Köln II | 9 (0) | |
| Christian Lenze | Deutschland | Werder Bremen II | 9 (1) | |
| Jürgen Rische | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 9 (1) | |
| 23. | Ali Bilgin | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 8 (0) |
| Georgi Donkov | Deutschland | SC Paderborn 07 | 8 (0) | |
| Salvatore Gambino | Deutschland | Borussia Dortmund II | 8 (0) | |
| Tamás Hajnal | Ungarn | FC Schalke 04 II | 8 (1) | |
| Thomas Neubert | Deutschland | Dynamo Dresden | 8 (0) | |
| Thomas Reichenberger | Deutschland | KFC Uerdingen 05 | 8 (1) | |
| Sebastian Schoof | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 8 (0) | |
| 30. | Markus Bayertz | Deutschland | Wuppertaler SV | 7 (1) |
| René Beuchel | Deutschland | Dynamo Dresden | 7 (0) | |
| Bjarne Goldbæk | Dänemark | Rot-Weiss Essen | 7 (0) | |
| Ranisav Jovanović | Serbien | Dynamo Dresden | 7 (0) | |
| Sven Lintjens | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 7 (0) | |
| Marcel Ndjeng | Kamerun | 1. FC Köln II | 7 (0) | |
| Mahir Sağlık | Türkei | SC Paderborn 07 | 7 (0) | |
| 37. | Festus Agu | Nigeria | FC St. Pauli | 6 (0) |
| Marco Antwerpen | Deutschland | Preußen Münster | 6 (0) | |
| Giovanni Federico | Italien | 1. FC Köln II | 6 (1) | |
| Leonhard Haas | Deutschland | Hamburger SV II | 6 (3) | |
| Martin Hauswald | Deutschland | Preußen Münster Rot-Weiss Essen | 6 (0) | |
| Jiří Homola | Tschechien | SG Wattenscheid 09 | 6 (0) | |
| Tino Milde | Deutschland | Preußen Münster | 6 (1) | |
| Marcus Steegmann | Deutschland | Hamburger SV II | 6 (0) | |
| 45. | Riccardo Baich | Deutschland | Hamburger SV II | 5 (0) |
| Ivica Banović | Kroatien | Werder Bremen II | 5 (1) | |
| Danilo Blank | Deutschland | VfR Neumünster | 5 (0) | |
| Francis Bugri | Deutschland | Borussia Dortmund II | 5 (0) | |
| Mike Büskens | Deutschland | FC Schalke 04 II | 5 (0) | |
| Pavel Dobrý | Tschechien | SC Paderborn 07 | 5 (1) | |
| Tom Geißler | Deutschland | Sachsen Leipzig | 5 (0) | |
| Daniel Graf | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 5 (0) | |
| Steffen Heidrich | Deutschland | Dynamo Dresden | 5 (0) | |
| Stefan Meißner | Deutschland | Chemnitzer FC | 5 (0) | |
| Audenzio Musci | Italien | FC St. Pauli | 5 (0) | |
| Marc Narewsky | Deutschland | Wuppertaler SV | 5 (0) | |
| Tobias Nickenig | Deutschland | 1. FC Köln II | 5 (0) | |
| Lars Schiersand | Deutschland | Holstein Kiel | 5 (3) | |
| Jean Louis Tavarez | Sénégal | Wuppertaler SV | 5 (0) | |
| Marcus Wedau | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 5 (0) | |
| 61. | Marc Arnold | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 4 (1) |
| Daniel Cartus | Deutschland | SC Paderborn 07 | 4 (0) | |
| Mario Fillinger | Deutschland | Chemnitzer FC | 4 (0) | |
| Rico Hanke | Deutschland | FC St. Pauli | 4 (0) | |
| Issa Issa | Libanon | Borussia Dortmund II | 4 (0) | |
| Christian Knappmann | Deutschland | VfR Neumünster | 4 (0) | |
| Ronny Kujat | Deutschland | Sachsen Leipzig | 4 (1) | |
| Michael Lejan | Belgien | 1. FC Köln II | 4 (0) | |
| Orhan Özkaya | Deutschland | KFC Uerdingen 05 | 4 (0) | |
| Martin Przondziono | Deutschland | Preußen Münster | 4 (0) | |
| Simon Rolfes | Deutschland | Werder Bremen II | 4 (0) | |
| Björn Schierenbeck | Deutschland | Werder Bremen II | 4 (0) | |
| Mehmet Şirin | Deutschland | Borussia Dortmund II | 4 (0) | |
| Torsten Sümnich | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 4 (0) | |
| Kevin Wittke | Deutschland | Werder Bremen II | 4 (0) | |
| Zé Luis | Brasilien | KFC Uerdingen 05 | 4 (0) | |
| 77. | Mehmet Akgün | Türkei | Borussia Dortmund II | 3 (0) |
| Jens Bäumer | Deutschland | Preußen Münster | 3 (0) | |
| André Breitenreiter | Deutschland | Holstein Kiel | 3 (0) | |
| Ahmet Cebe | Deutschland | KFC Uerdingen 05 | 3 (0) | |
| Michael Delura | Deutschland | FC Schalke 04 II | 3 (0) | |
| Dennis Gersdorf | Deutschland | VfR Neumünster | 3 (0) | |
| Cory Gibbs | USA | FC St. Pauli | 3 (0) | |
| Fabrizio Hayer | Deutschland | Preußen Münster | 3 (2) | |
| Dominik Jansen | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 3 (0) | |
| Stephan Küsters | Deutschland | Preußen Münster | 3 (3) | |
| Stephan Maaß | Deutschland | SC Paderborn 07 | 3 (0) | |
| Björn Mehnert | Deutschland | Wuppertaler SV | 3 (1) | |
| Tibor Nadj | Deutschland | Holstein Kiel | 3 (0) | |
| Michael Niedrig | Deutschland | 1. FC Köln II | 3 (0) | |
| Robert Palikuca | Kroatien | FC St. Pauli | 3 (0) | |
| Thomas Piorunek | Deutschland | Preußen Münster | 3 (0) | |
| Steve Rolleder | Deutschland | Chemnitzer FC | 3 (0) | |
| Tobias Schäper | Deutschland | Preußen Münster | 3 (0) | |
| Charles Takyi | Ghana | FC Schalke 04 II | 3 (0) | |
| Jacob Thomas | USA | Eintracht Braunschweig | 3 (0) | |
| Filip Trojan | Tschechien | FC Schalke 04 II | 3 (0) | |
| Nelson Valdez | Paraguay | Werder Bremen II | 3 (0) | |
| Marcel Witeczek | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 3 (0) | |
| Sascha Wolf | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 3 (0) | |
| Ramazan Yildirim | Türkei | Rot-Weiss Essen | 3 (0) | |
| Mark Zimmermann | Deutschland | Sachsen Leipzig | 3 (0) | |
| 103. | Yusuf Akbel | Türkei | FC St. Pauli | 2 (0) |
| Patrick Bick | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 2 (0) | |
| Fabian Boll | Deutschland | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| Markus Brzenska | Deutschland | Borussia Dortmund II | 2 (0) | |
| Giuseppe Canale | Belgien | SC Paderborn 07 Sachsen Leipzig | 2 (0) | |
| Cláudio Oeiras | Portugal | Chemnitzer FC | 2 (0) | |
| Andre Drewes | Deutschland | VfR Neumünster | 2 (0) | |
| Alexander Ende | Deutschland | 1. FC Köln II | 2 (0) | |
| Manuel Friedrich | Deutschland | Werder Bremen II | 2 (0) | |
| Lars Fuchs | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 2 (0) | |
| Holger Gaißmayer | Deutschland | Wuppertaler SV | 2 (0) | |
| Andreas Gensler | Deutschland | Wuppertaler SV | 2 (0) | |
| Sascha Gillert | Deutschland | Chemnitzer FC | 2 (0) | |
| Daniel Göhlert | Deutschland | Chemnitzer FC | 2 (0) | |
| Mike Hanke | Deutschland | FC Schalke 04 II | 2 (0) | |
| Stephan Hanke | Deutschland | Hamburger SV II | 2 (0) | |
| Heiko Herrlich | Deutschland | Borussia Dortmund II | 2 (1) | |
| Dustin Heun | Deutschland | KFC Uerdingen 05 | 2 (0) | |
| Stefan Hoffmann | Deutschland | Borussia Dortmund II | 2 (0) | |
| Aaron Hunt | Deutschland | Werder Bremen II | 2 (0) | |
| Zbigniew Ilski | Polen | Holstein Kiel | 2 (0) | |
| Deniz Kacan | Deutschland | Werder Bremen II | 2 (0) | |
| Kai Koitka | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 2 (0) | |
| Markus Krösche | Deutschland | SC Paderborn 07 | 2 (0) | |
| Alexander Laas | Deutschland | Hamburger SV II | 2 (0) | |
| Blaise Mamoum | Kamerun | Hamburger SV II | 2 (0) | |
| Sebastian Meyer | Deutschland | Chemnitzer FC | 2 (0) | |
| Alexander Nouri | Deutschland | KFC Uerdingen 05 | 2 (0) | |
| Henry Nwosu | Nigeria | FC St. Pauli | 2 (0) | |
| David Odonkor | Deutschland | Borussia Dortmund II | 2 (0) | |
| Silvio Pagano | Italien | 1. FC Köln II | 2 (0) | |
| Christian Pander | Deutschland | FC Schalke 04 II | 2 (0) | |
| Torsten Petersen | Deutschland | VfR Neumünster | 2 (0) | |
| Krystian Prymula | Deutschland | Chemnitzer FC | 2 (0) | |
| Robert Ratkowski | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 2 (0) | |
| Falk Schindler | Deutschland | Chemnitzer FC | 2 (0) | |
| Ronny Scholze | Deutschland | Dynamo Dresden | 2 (0) | |
| Eren Sen | Deutschland | Hamburger SV II | 2 (0) | |
| Sahr Senesie | Deutschland | Borussia Dortmund II | 2 (0) | |
| Sérgio da Silva Pinto | Deutschland | FC Schalke 04 II | 2 (0) | |
| Aleksandar Simic | Deutschland | Chemnitzer FC | 2 (0) | |
| Andreas Teichmann | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 2 (0) | |
| Dennis Tornieporth | Deutschland | Holstein Kiel | 2 (0) | |
| Gustavo Varela | Uruguay | FC Schalke 04 II | 2 (1) | |
| Ivan Zoric | Kroatien | VfR Neumünster | 2 (0) | |
| 148. | Yakubu Adamu | Nigeria | FC Schalke 04 II | 1 (0) |
| Benjamin Adrion | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 1 (0) | |
| Victor Agali | Nigeria | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Philip Albrecht | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Sebastian Arzt | Deutschland | Chemnitzer FC | 1 (0) | |
| Danny Bach | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Sven Bagemiel | Deutschland | VfR Neumünster | 1 (0) | |
| Karsten Baumann | Deutschland | Wuppertaler SV | 1 (0) | |
| Stefan Beckert | Deutschland | Werder Bremen II | 1 (0) | |
| Tobias Beckmann | Deutschland | Borussia Dortmund II | 1 (0) | |
| David Bergner | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Markus Bollmann | Deutschland | SC Paderborn 07 | 1 (0) | |
| Fabian Bröcker | Deutschland | Hamburger SV II | 1 (1) | |
| Daniel Chitsulo | Malawi | 1. FC Köln II | 1 (0) | |
| Heiko Cramer | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Levente Csik | Rumänien | Dynamo Dresden | 1 (0) | |
| Simon Cziommer | Deutschland | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Andrija Dabovic | Deutschland | VfR Neumünster | 1 (0) | |
| Semir Devoli | Bosnien-Herzegowina | SC Paderborn 07 | 1 (0) | |
| Hüseyin Dogan | Türkei | Holstein Kiel | 1 (0) | |
| Ronny Ernst | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 1 (0) | |
| Daniel Ferl | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Giancarlo Fiore | Italien | Preußen Münster | 1 (0) | |
| Milan Fukal | Tschechien | Hamburger SV II | 1 (0) | |
| Danny Fütterer | Deutschland | Werder Bremen II | 1 (0) | |
| Carsten Gockel | Deutschland | Preußen Münster | 1 (0) | |
| Marco Grimm | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 1 (0) | |
| Ralph Gunesch | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Henning Hardt | Deutschland | Holstein Kiel | 1 (0) | |
| Florian Heidenreich | Deutschland | Werder Bremen II | 1 (0) | |
| Jörn Heineke | Deutschland | Preußen Münster | 1 (0) | |
| Antoine Hey | Deutschland | VfR Neumünster | 1 (0) | |
| Mike Holtheuer | Deutschland | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Michael Jost | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Nico Kanitz | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Sebastian Kehl | Deutschland | Borussia Dortmund II | 1 (0) | |
| Ferhat Kıskanç | Türkei | 1. FC Köln II | 1 (0) | |
| Frank Klemmer | Deutschland | Wuppertaler SV | 1 (0) | |
| Stephan Kling | Deutschland | Hamburger SV II | 1 (0) | |
| Benjamin Knoche | Deutschland | Borussia Dortmund II | 1 (1) | |
| Benjamin Koch | Deutschland | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Charly Kuntz | Kamerun | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Fabian Lamotte | Deutschland | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Leandro | Brasilien | Borussia Dortmund II | 1 (0) | |
| Robin Lenk | Deutschland | Chemnitzer FC | 1 (0) | |
| Michael Lorenz | Deutschland | SC Paderborn 07 | 1 (0) | |
| Sören Meier | Deutschland | Hamburger SV II | 1 (0) | |
| André Moheit | Deutschland | Hamburger SV II | 1 (0) | |
| Patrick Mölzl | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (1) | |
| Markus Mrugalla | Deutschland | SC Paderborn 07 | 1 (0) | |
| Roman Müller | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Benedetto Muzzicato | Italien | Werder Bremen II | 1 (0) | |
| Evangelos Nessos | Griechenland | 1. FC Köln II | 1 (0) | |
| Volker Oppitz | Deutschland | Dynamo Dresden | 1 (0) | |
| Christian Petereit | Deutschland | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Bastian Pinske | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Patrick Prang | Deutschland | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Carsten Pukaß | Deutschland | Holstein Kiel | 1 (0) | |
| Thorben Reibe | Deutschland | VfR Neumünster | 1 (0) | |
| Giuseppe Reina | Deutschland | Borussia Dortmund II | 1 (0) | |
| Oliver Risser | Namibia | Borussia Dortmund II | 1 (1) | |
| Hilko Ristau | Deutschland | Rot-Weiss Essen | 1 (0) | |
| Kosta Rodrigues | Deutschland | Eintracht Braunschweig | 1 (0) | |
| Thorsten Rohwer | Deutschland | Holstein Kiel | 1 (0) | |
| Matthias Rose | Deutschland | Holstein Kiel | 1 (0) | |
| Daniel Sager | Deutschland | FC St. Pauli | 1 (0) | |
| Amos Sasy | Israel | Borussia Dortmund II | 1 (0) | |
| Mitja Schäfer | Deutschland | 1. FC Köln II | 1 (0) | |
| Jörg Scherbe | Deutschland | KFC Uerdingen 05 | 1 (0) | |
| Daniel Scherning | Deutschland | SC Paderborn 07 | 1 (0) | |
| Alexander Schiller | Deutschland | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Piet Schönberg | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Timo Schultz | Deutschland | Holstein Kiel | 1 (0) | |
| Uwe Seggewiß | Deutschland | Borussia Dortmund II | 1 (0) | |
| Sebastian Seifert | Deutschland | Sachsen Leipzig | 1 (0) | |
| Sebastian Siemers | Deutschland | Hamburger SV II | 1 (0) | |
| Andrew Sinkala | Sambia | 1. FC Köln II | 1 (0) | |
| Marco Stier | Deutschland | Werder Bremen II | 1 (0) | |
| Mijo Stijepic | Kroatien | FC Schalke 04 II | 1 (0) | |
| Michael Stuckmann | Deutschland | SG Wattenscheid 09 | 1 (0) | |
| Ifet Taljevic | Serbien | Chemnitzer FC | 1 (0) | |
| Marek Trejgis | Polen | Holstein Kiel | 1 (0) | |
| Sven Vermant | Belgien | FC Schalke 04 II | 1 (1) | |
| Tino Wächtler | Deutschland | Chemnitzer FC | 1 (0) | |
| Thijs Waterink | Niederlande | SC Paderborn 07 | 1 (0) | |
| Hannes Wilking | Deutschland | Werder Bremen II | 1 (0) | |
| Tomislav Zivic | Deutschland | Chemnitzer FC | 1 (0) |
| Regionalliga 2003/04 | |
 | |
| Meister | Rot-Weiss Essen (Nord) FC Bayern München Amateure (Süd) |
| Aufsteiger | Rot-Weiss Essen, Dynamo Dresden, Rot-Weiß Erfurt, 1. FC Saarbrücken |
| Absteiger | SG Wattenscheid 09, FC Schalke 04 Amateure, FC Sachsen Leipzig, VfR Neumünster (Nord) 1. FC Schweinfurt 05, 1. FC Eschborn, 1. FC Kaiserslautern Amateure (Süd) |
| Mannschaften | 2 × 18 |
| Spiele | 2 × 306 |
| Tore | 1.767 (ø 2,89 pro Spiel) |
| Zuschauer | 2.143.076 (ø 3501 pro Spiel) |
| Torschützenkönig | Markus Feldhoff (KFC Uerdingen 05) (Nord) Paolo Guerrero, Zvjezdan Misimović (beide FC Bayern München Amateure) (Süd) |
Die Saison 2003/04 der Regionalliga war die zehnte Spielzeit der Regionalliga als dritthöchste Spielklasse im deutschen Fußball. Es wurde in zwei regionalen Staffeln – Nord und Süd – mit jeweils 18 Mannschaften gespielt.
Nord
Die Nord-Staffel spielte in der Saison 2003/04 mit 18 Mannschaften. Rot-Weiss Essen gelang mit dem Gewinn der Meisterschaft der Aufstieg in die 2. Bundesliga. Die Vizemeisterschaft und ebenfalls den Aufstieg sicherte sich Dynamo Dresden.
Die SG Wattenscheid 09, die Amateure des FC Schalke 04, der FC Sachsen Leipzig und der VfR Neumünster stiegen auf sportlichem Weg in die Oberliga ab.
Süd
Die Süd-Staffel spielte in der Saison 2003/04 mit 18 Mannschaften. Den Amateuren des FC Bayern München gelang der Gewinn der Meisterschaft. Die Vizemeisterschaft und den Aufstieg in die 2. Bundesliga sicherte sich der FC Rot-Weiß Erfurt. Die Amateure des FC Bayern München besaßen aufgrund ihres Status als Amateurmannschaft eines Profiklubs gemäß den Statuten des DFB kein Aufstiegsrecht. Dadurch stieg der Drittplatzierte 1. FC Saarbrücken neben Erfurt auf.
Der 1. FC Eschborn und die Amateure des 1. FC Kaiserslautern stiegen auf sportlichem Weg in die Oberliga ab. Zwar schaffte der 1. FC Schweinfurt 05 den Klassenerhalt, da mit dem SSV Jahn Regensburg nur ein Verein aus dem Gebiet der Süd-Staffel aus der 2. Bundesliga abstieg, um die Sollstärke von 18 Mannschaften zu erreichen. Da Schweinfurt aber keine Lizenz für die folgende Spielzeit erhielt, verblieben die eigentlich sportlich abgestiegenen Sportfreunde Siegen in der Regionalliga.
