Vereinsstationen als Spieler
| 07/2003 - 06/2004 | VfB Leipzig |
| 07/2000 - 06/2003 | Chemnitzer FC |
| 01/2000 - 06/2000 | VFC Plauen |
| 07/1998 - 12/1999 | Chemnitzer FC |
| 07/1996 - 06/1998 | Dynamo Dresden |
| 02/1995 - 06/1996 | Erzgebirge Aue |
| 07/1994 - 01/1995 | TeBe Berlin |
| 07/1989 - 06/1994 | Erzgebirge Aue |
| 07/1990 - 06/1991 | FC Wismut Aue II |
Zur Saison 1989/90 stieg Jan Schmidt in die DDR-Oberliga-Mannschaft der BSG Wismut Aue auf. Sein Debüt in der höchsten Liga im DDR-Fußball gab er am 17. März 1990 beim Spiel gegen Dynamo Dresden. Beim 1:1-Unentschieden wurde er von Trainer Jürgen Escher in der Startelf aufgeboten. Nach der Wiedervereinigung blieb er Aue treu und spielte bis 1994 für den FC Wismut Aue bzw. FC Erzgebirge Aue. Zur Saison 1994/96 schloss sich Schmidt dem TeBe Berlin an und kehrte nach einer Saison wieder zum FC Erzgebirge Aue zurück.
Zur Saison 1996/97 verließ Jan Schmidt Aue und wechselte zum Ligakonkurrenten Dynamo Dresden. Nach zwei Spielzeiten in Dresden ging er zur Saison 1998/99 zum Chemnitzer FC und steig mit diesen in die 2. Bundesliga auf. In der Saison In der Winterpause der Saison 1999/00 wurde Schmidt für ein halbes Jahr an den VFC Plauen ausgeliehen. Seine Karriere beendete Jan Schmidt in der Saison 2003/04 beim VfB Leipzig.
Erfolge
- Meister der Regionalliga Nordost: 1998/99
- Aufstieg in die 2. Bundesliga: 1998/99
- Aufstieg in die Regionalliga Nordost: 1993/94
