| 1 | 14.08.1999 15:30 | FC Bayern München |
– |  Hamburger SV |
2 : 2 | |
| 2 | 22.08.1999 17:30 | Bayer 04 Leverkusen |
– | FC Bayern München |
2 : 0 | |
| 3 | 28.08.1999 15:30 | FC Bayern München |
– |  SpVgg Unterhaching |
1 : 0 | |
| 4 | 11.09.1999 15:30 | MSV Duisburg |
– | FC Bayern München |
1 : 2 | |
| 5 | 18.09.1999 20:00 | Eintracht Frankfurt |
– | FC Bayern München |
1 : 2 | |
| 6 | 24.09.1999 20:00 | FC Bayern München |
– |  VfB Stuttgart |
0 : 1 | |
| 7 | 02.10.1999 15:30 | FC Schalke 04 |
– | FC Bayern München |
1 : 1 | |
| 8 | 16.10.1999 15:30 | FC Bayern München |
– |  Hertha BSC |
3 : 1 | |
| 9 | 23.10.1999 15:30 | 1. FC Kaiserslautern |
– | FC Bayern München |
0 : 2 | |
| 10 | 30.10.1999 15:30 | FC Bayern München |
– |  VfL Wolfsburg |
5 : 0 | |
| 11 | 06.11.1999 15:30 | SSV Ulm 1846 |
– | FC Bayern München |
0 : 1 | |
| 12 | 20.11.1999 15:30 | FC Bayern München |
– |  SC Freiburg |
6 : 1 | |
| 13 | 27.11.1999 15:30 | TSV 1860 München |
– | FC Bayern München |
1 : 0 | |
| 14 | 04.12.1999 15:30 | FC Bayern München |
– |  Borussia Dortmund |
1 : 1 | |
| 15 | 11.12.1999 15:30 | FC Hansa Rostock |
– | FC Bayern München |
0 : 3 | |
| 16 | 14.12.1999 20:00 | FC Bayern München |
– |  Arminia Bielefeld |
2 : 1 | |
| 17 | 17.12.1999 20:00 | SV Werder Bremen |
– | FC Bayern München |
0 : 2 | |
| 18 | 06.02.2000 17:30 | Hamburger SV |
– | FC Bayern München |
0 : 0 | |
| 19 | 09.02.2000 20:00 | FC Bayern München |
– | Bayer 04 Leverkusen |
4 : 1 | |
| 20 | 12.02.2000 15:30 | SpVgg Unterhaching |
– | FC Bayern München |
0 : 2 | |
| 21 | 19.02.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | MSV Duisburg |
4 : 1 | |
| 22 | 26.02.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | Eintracht Frankfurt |
4 : 1 | |
| 23 | 04.03.2000 15:30 | VfB Stuttgart |
– | FC Bayern München |
2 : 0 | |
| 24 | 11.03.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | FC Schalke 04 |
4 : 1 | |
| 25 | 18.03.2000 15:30 | Hertha BSC |
– | FC Bayern München |
1 : 1 | |
| 26 | 25.03.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | 1. FC Kaiserslautern |
2 : 2 | |
| 27 | 01.04.2000 15:30 | VfL Wolfsburg |
– | FC Bayern München |
1 : 1 | |
| 28 | 08.04.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | SSV Ulm 1846 |
4 : 0 | |
| 29 | 12.04.2000 20:00 | SC Freiburg |
– | FC Bayern München |
1 : 2 | |
| 30 | 15.04.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | TSV 1860 München |
1 : 2 | |
| 31 | 23.04.2000 20:00 | Borussia Dortmund |
– | FC Bayern München |
0 : 1 | |
| 32 | 29.04.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | FC Hansa Rostock |
4 : 1 | |
| 33 | 13.05.2000 15:30 | Arminia Bielefeld |
– | FC Bayern München |
0 : 3 | |
| 34 | 20.05.2000 15:30 | FC Bayern München |
– | SV Werder Bremen |
3 : 1 |